Subscribe.Ru : Новости лаборатории Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ...

Соберём модель инсулинового цикла из 6 аминокислотных остатков..

Модели всех аминокислотных остатков готовы

Остальные кадры высокого качества можно посмотреть в фотоальбоме

Но ... это не той формы цикл, который я собирал в 1992-ом году...

Так что сейчас мы переделаем модель и сравним структуру двух разных циклов из 6 аминокислотных остатков. Возможно, что в разных белках реализуются 6-членные циклы разной формы, которые соответствуют разным композиционным кодам...

Альтернативный цикл из 6 аминокислотных остатков соответствует композиционному коду: x23332

Другие кадры высокого качества можно посмотреть в фотоальбоме

Обратите внимание на то, что оба цистеина находятся в положении, соответствующем композиционному коду 2. А в нуклеотидной последовательности мы видим триплеты tgt, которые соответствуют композиционному коду 3. В 1992-ом году это обстоятельство поставило меня в тупик. В конце концов я догадался, что окситоцин, вероятно, модифицируется после сборки рибосомой, поэтому его нуклеотидная последовательность непригодна для составления таблицы композиционного генетического кода.

Скрипт строит ненапряжённую структуру, где радикалы цистеинов находятся друг от друга на расстоянии около двух атомных диаметров. Однако пластмассовая модель показывает, что этот цикл может замкнуться за счёт изменения транспозиционных углов. При этом получается напряжённая конструкция...

Цикл окситоцина / вазопрессина / инсулина в программе RasTop

Материал с форума лаборатории Наномир:

Victoria: Чем хуже модель радикала аргинина 1 по сравнению с 2. Почему не имеет место быть линейная форма соединения метильных групп в радикале?

Модель аргинина-top ( Arg_top/R по коду cgc ) и аргинина-bottom ( Arg_bottom/R по коду agg )

Victoria: Ещё нет. А это Вам радикал метионина лично подсказал, что он должен замыкать цикл через кислород группы СО собственной аминокислоты? Первый раз вижу такую оригинальную трактовку радикала. В моей модели он самым скромным образом ориентирован вниз (хвостиком ) как и в большинстве остальных аминокислот.

Кушелев: Давайте рассуждать. Каждый радикал должен выполнять специфическую функцию, иначе зачем нужны РАЗНЫЕ радикалы? Далее начинаем анализировать доступную информацию. Известно, что в том месте, где установлен метионин, альфа-спираль гнётся. Предположим, что спираль гнётся из-за того, что радикал метионина подкладывает дополнительную группу CH3 между кислородом собственной группы СО и азотом аминокислотного остатка следующего витка спирали. Далее идёт проверка. Проверка показывает, что конец радикала, группа CH3 точь-в-точь дотягивается до атома кислорода, причём вставляет группу CH3 под нужным углом.

Если же следовать материалам устаревших учебников, то радикал метионина не влияет на ход альфа-спирали. А следовательно материал устаревшего учебника противоречит новым экспериментальным данным.

Victoria: Я не привыкла верить голословным заверениям, поэтому будьте добры дайте ссылку на информацию о том, что спирали гнутся на метионине.

Кушелев: Мне об этом сказал молекулярный биолог, профессор из МГУ около 10 лет тому назад. Я думаю, что эта информация уже должна быть опубликована в научных статьях. Я показал ему кольцегранную модель белка troponin-C. Он сильно удивился, глядя на мою пластмассовую модель, изготовленную из ~8000 колец. Я притащил её в МГУ...

Кушелев: Уважаемая Виктория!
Вы определились, какой вариант аминокислотного остатка Вы выбрали?

Вариант А - тетраэдрические углы, с помощью которых альфа-спираль не построить.

Вариант B - ацетальные углы, с помощью которых можно построить альфа-спираль, 310-спираль, бета-спираль и пи-спираль.

Victoria: Конечно: во всех трёх вариантах углы -- ТЕТРАЭДРИЧЕСКИЕ, т.е. это октаэдрическое и кольцегранное представление одного и того же. Поэтому я выбираю все три варианта, из которых одинаково хорошо получаются вторичные структуры белка.

Если Вас это не убеждает, посмотрите спираль, которая смоделирована вручную из октаэдрических моделей или напишите скрипт для этой спирали, тогда длина всех межвитковых водородных связей будет как в жизни различаться не более чем на 0,1%.

Кушелев: Поверьте, мне очень хотелось, чтобы Вы были правы, но из тетраэдрических углов ацетальный угол не получается:

Конечно, из тетраэдров можно составить плоскую фигуру, но угол в этой фигуре будет образован двумя тетраэдрическими углами. Ацетальный угол ДРУГОЙ!

Victoria: ... вторичные структуры белка не нуждаются в "другом (?) ацетальном угле", поскольку обходятся тетраэдрическими.

Кушелев: Вы видите отличие модели A от модели B на Вашей иллюстриции по угловым и линейным величинам?

Продолжаем создавать новую версию программы Пикотех...

Скрипт Матлаба двигает модели аминокислотных остатков на нужные расстояния и в нужном направлении. Осталось подобрать начальное положение модели аминокислотного остатка, чтобы стыки были минимальны...

Эта последовательность точек получена с помощью скрипта:

px = #()
py = #()
pz = #()
t = #()
angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110)
dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
--collagen
kk = #(3,3,1,3,3,1,1,1,1,2,1,1,1,3,3,1,1,3,3,3,3,2,3,1,3,3,1,3,1,3,3,1,1,3,
1,1,3,3,1,3,1,1,3,1,3,3,1,4,1,3,1,1,1,3,3,3,1,3,1,1,3,1,1,1,1,1,3,3,
3,1,3,3,2,3,1,3,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,1,3,1,3,3,3,3,3,3,3,3,1,3,3,3,1,
1,1,3,1,1,1,3,3,1,2,1,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,3,1,1,1,2,1,3,3,1,1,3,3,3,
3,3,3,1,1,3,3,1,3,1,1,3,2,1,3,3,3,3,1,1,3,1,1,1,3,1,3,1,3,4,4,1,1,1,
1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,3,3,1,1,1,3,3,1,1,1,3,1,1,1,4,3,3,1,1,1,1,1,1,1,
1,1,1,1,1,4,3,3,4,1,3,1,1,4,1,1,1,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,1,4,
1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,1,1,1,4,1,4,1,
1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,
4,1,1,1,1,4,3,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,
1,1,1,1,3,1,1,1,3,1,1,1,1,4,3,3,1,1,1,3,4,1,1,4,1,4,1,1,1,1,1,1,1,1,
1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,1,3,4,4,1,1,2,1,1,1,1,1,1,1,
1,3,2,1,1,1,1,1,3,4,1,1,1,3,1,1,4,3,1,3,2,2,1,1,3,2,4,3,1,1,1,4,4,1,
1,4,1,4,1,1,3,1,1,3,3,1,1,3,1,3,4,1,1,3,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1)

-- peptide = point pos:[0,0,0] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1; Converttomesh peptide
-- for k = 1 to 473 do(
-- element = point pos:[0,0,0] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1; Converttomesh element
-- attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
-- rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])

px[1] = 0
py[1] = 0
pz[1] = 0
for k = 2 to 473 do(
px[k] = px[k-1] + dx[kk[k]]
py[k] = py[k-1] + dy[kk[k]]
pz[k] = pz[k-1] + dz[kk[k]]
t[k] = point pos:[px[k],py[k],pz[k]] box:false wirecolor:green name:"rotmatrixPoint00" size:1
)

Осталось научиться правильно поворачивать элементы массива, и у нас получится скрипт для генерации pdb-файлов гигантских белков...

Кушелев: Здравствуйте, *****! Каков Ваш прогноз по поводу эксперимента?

Специалист: Планируем включить ускоритель в начале апреля.

Специалист: Если не будет непредвиденных обстоятельств, то сможем начать эксперимент в начале апреля.

Кушелев: А мы пытаемся начать эксперименты в микроволновой печи с эллипсоидальным резонатором из сапфира.

Специалист: Мы тоже некоторые эксперименты проводим с помощью микроволновки. Есть такие эксперименты, которые в микроволновке получаются, а на ускорителе не получаются...

Каменные шары - элементы фрактальной резонансной системы треугольного тока?!

В Мексике (Моераки, Коста-Рики и др.) обнаружены каменные шары кратного диаметра, например, 1.8 и 3.6 метра, причём одинаковые с точностью до миллиметра...

Я предполагаю, что кратные размеры означают использование каменных шаров в качестве элементов диэлектрического резонатора треугольного тока смещения, т.к. кратность размеров элементов может означать кратность длины волны фрактальной диэлектрической резонансной системы.

Ваш воспитанник, Даниил Шостин, не только изобрёл новый конструктор, но фактически совершил технологический прорыв ( сам о том не подозревая).

Я утверждаю это, потому что более 30-ти лет работаю в направлении объяснения законов микромира с позиций «новой физики». Особое, можно сказать, принципиальное значение при этом имеет база моделей визуального восприятия строения вещества.

Самым поразительным является то, что в нашей лаборатории был создан похожий конструктор (но с другим типом крепления). Цели его создания были совсем иными, чем у Даниила – это моделирование объектов микромира. С помощью этого конструктора сделан целый ряд открытий, которые опубликованы в научных, научно-популярных журналах, сети интернет, вышло несколько телепередач.

Конструктор Даниила Шостина фактически является разновидностью пикотехнологического конструктора, который поможет школьникам, студентам и ученым
освоить пикотехнологию, идущей на смену нанотехнологии.
И это уже не просто игрушка.
Мы считаем, что конструктор Даниила Шостина является более прочным.

В свое время нам удалось разработать комплект учебных пособий, иллюстрирующих объекты микромира, модели которого мы назвали «пикотехнологическими».
Этот комплект иллюстраций был допущен министерством образования и науки России в качестве учебного пособия.

Эти материалы, а также Энциклопедию «Формы, механизмы, энергия наномира»,
я бы хотел подарить Вашей школе.

Возвращаясь к выдающейся идее Даниила Шостина , хочу предложить Вам возможность ее популяризации. Одним из способов может быть организация интернет-трансляции «Екатеринбург- Москва», в ходе которой, любознательные участники смогут задать вопросы Даниилу и тем, кто помог ему в оформлении идеи, а также приобщиться и узнать ход и образ мыслей, способ мышления, приведшие к успеху.
Возможны и другие варианты действий в этом направлении.

По моему мнению, это начинание будет способствовать процессу восстановления интеллектуальной среды, формирующей духовный остов взрослеющей личности. Разумеется, это не может быть попыткой формирования новой моды или тренда, как принято сейчас выражаться, но должно отвечать глубинным запросам духа части нашей молодежи. Кроме того, мы должны осознавать необходимость активного сопротивления политике примитивизации внутреннего мира человека, плоды которой мы наблюдаем в виде массового отъезда одаренных молодых людей из страны, отторгающей их интеллектуальную необычность …

Надеюсь, что мое предложение будет позитивно воспринято Вами, и мы сможем, совместными усилиями, осуществить его.

Руководитель лаборатории Наномир, Александр Кушелев

Cyrtodactylus irianjayaen: Причём тут 9 гимназия, дети и пластиковые колечки разных цветов? (в двух словах)

Кушелев: Даниил Шостин создал разновидность пикотехнологического конструктора, который дополняет учебные пособия с пикотехнологическими моделями, которые Вы видите на плакатах.

Изюминка открытия Даниила Шостина заключена в распределённой нагрузке на кольцевые элементы конструктора. Именно поэтому он не разваливается, как случается с классическими конструкторами, где нагрузка приходится на миниатюрные элементы соединения.

Suo: ... а как выглядит атом в возбужденном состоянии в системе "кольцегранной модели", когда валентный электрон занял положение следующего энергетического уровня?

Кушелев: А это показано в 153-ем выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир":http://nanoworld88.narod.ru/data/153.htm

Suo: ... атом еще никто глазами не видел и не увидит, и не проверит как там на самом деле

Кушелев: Человек видит не глазами, а мозгом. Есть результаты модельных экспериментов, которые позволяют увидеть кольцегранные электронные оболочки атомов, молекул и кристаллов. Это независимо удалось сделать Збигневу Огжевальскому, Кеннету Снельсону и мне (Александру Кушелеву) с Дмитрием Кожевниковым.

И те изображения микрообъектов, которые получают сегодня с помощью электронных и туннельных микроскопов, тоже являются фактически результатами экспериментов за пределами отпического диапазона. Тем не менее данные вполне очевидны

Suo: А чем вам не "нравится" орбитальная модель?

Кушелев: Она противоречит классической электродинамике. Ускоренно движущийся электрон излучает. Это можно наблюдать, например, в циклотроне:

А раз электрон в атоме не излучает, значит он не движется с ускорением. Поэтому нужно перейти от ошибочной (орбитальной), искусственной (с постулатами Бора) к классической кольцегранной модели атома. Более того, этот переход уже произошёл на уровне министерства образования и науки России:

http://nanoworld88.narod.ru/data/250_files/2-04.jpg

Плакаты полиграфического качества можно скачать и распечатать отсюда:http://nanoworld88.narod.ru/data/250.htm

Уважаемый =Главком= !
Вы не могли бы распечатать в фотостудии для начала эти 4 плаката?

Во время интернет-трансляции их можно повесить в 9-ой школе Екатеринбурга. А когда мы приедем из Москвы в Екатеринбург, мы привезём полный комплект плакатов (16 штук) по неорганической химии, а может быть и второй комплект (ещё 16 штук) по органической химии.

Методическое пособие к плакатам можно распечатать на обычном принтере в текстовом формате: http://www.nanoworld.org.ru/data/200511 … 0203/2.htm

http://img-fotki.yandex.ru/get/6101/126580004.48/0_b618e_9686859d_orig.png

Приблизительно так.
А в 178-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир" :http://nanoworld88.narod.ru/data/178.htm

Вы найдёте воксельный портрет электрона и атома гелия

Cyrtodactylus irianjayaen: ЗАЧЕМ это всё 9 школе надо??? это же школа а не универсиетет....

Кушелев: Дети бывают разные. Например, Даниил Шостин, ученик 9-ой школы Екатеринбурга изобрёл и запатентовал(!) конструктор, который оказался разновидностью пикотехнологического конструктора, в который могут играть не только дети, но и физики, химики, биологи...

Кстати, Вы в курсе, что физиками, химиками, биологами... не рождаются. Ими становятся. Вы в курсе, что структуру атома изучают в ШКОЛЕ?

Эти учебные пособия созданы именно для школ

Орден священного сокровища получен от богов?!

Кушелев: Это - копия источника энергии. "Нагрудная вечная лампочка"

Игорь: "Гора Амеко в Мексике предлагает нам удивительный вид с высоты птичьего полёта. Почти тысяча камней сферической формы, почти в 20 тонн, занимают горные склоны на возвышенностях. В течении многих лет об их существовании знали лишь местные аборигены. В середине шестидесятых их открыл один американец. После этого, сферы захватили внимание геологов и вулканологов, которые продолжают их изучать, не пытаясь разгадать их загадочное происхождение."

Кушелев: Да... Классный фильм. Правда, почему-то ребята не добрались до шаров на берегу океана, некоторые из которых разбиты, и видна внутренняя структура:

И ничего не сказали о связи каменных шаров с другими мегалитическими комплексами:

Как плавать с помощью летательных браслетов?

Нужно ли космонавтам избавляться от "пуповины"?

Предки людей рождались слепыми. А предки предков ... глухими. А предки предков предков ... вообще не рождались

Фраза о создании человека "по образу и подобию божьему" теряет смысл, как только выясняется, что человек растёт в организме будущей матери слепым, а ещё раньше глухим...

Георгий Шишков: Интересный журнал "Знание-Сила"! http://www.znanie-sila.ru/golden/issue_7.html

для людей умеющих самостоятельно мыслить; не просто умных, а мудрых, которые чувствуют, где истина

Лаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее.

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень, невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

Основные разработки:

Микроволновый источник энергии

В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом году, вероятно, можно будет создать микроволновую энергетику, т.к. удалось найти сырьё (рубин #8), из которого сделаны рубиновые шарики для эксперимента в Дубне.

Параллельно началась серия экспериментов на ускорителе "B" в диапазоне 20 ... 140 ГГц.

"Эликсир вечной молодости"

28 сентября 2011г. в институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. Продолжаются переговоры с потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта.

Программа исследований Презентация

Пикотехнология

Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий.

Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Первые 10 заказов -- бесплатно . Цена следующих заказов -- договорная.

Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)

Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru