Выпуск 581 Лаборатория Наномир Когда реальность открывает тайны, Триумф пикотехнологии Материал с форума лаборатории Наномир: aest: Делайте такие предсказания по ближнему порядку, которые можно проверить физически или химически в лаборатории с реальными белками. Кушелев: Виктория Соколик нашла ещё один лизоцим в базе PDB, где специалисты по РСА угадали замыкание фрагмента через дисульфидный мостик. Виктория Соколик: http://www.uniprot.org/uniprot/P61626 В структуре полипептида лизоцима четыре дисульфидных мостика: С24-С146; С48-С134; С83-С99 и С95-С113. >sp|P61626|LYSC_HUMAN Lysozyme C OS=Homo sapiens GN=LYZ PE=1 SV=1 MKALIVLGLVLLSVTVQGKVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRA Кушелев: DNE-файл фрагмента С95-С113: FT CDS 283..339 // Практически весь фрагмент представляет собой архитектурный перевертыш:
А мы уже знаем, что архитектурные перевертыши часто позволяют вернуться в исходную точку белковой "цепи" для образования циклической, т.е. более устойчивой структуры.
Замкнутый цикл человеческого лизоцима (вид слева и спереди). Дисульфидный мостик показан желтым пунктиром. Структура фрагмента человеческого лизоцима тоже замыкается через дисульфидный мостик! Мы видим, что во фрагменте человеческого лизоцима цикл замыкается на 18-ом аминокислотном остатке. В курином (chicken) лизоциме фрагмент замкнулся на 22-ом аминокислотном остатке:
Виктория Соколик: Замыкание дисульфидных мостиков -- это посттрансляционный процесс, который реализуется в ходе фолдинга (созревания) белка. Из рибосомы лизоцим вылазит без мостиков, поэтому их замыкание детерминировано наличием цистеинов в определённых (закодированных) позициях. Вы хотите конечный результат фолдинга -- функциональную конформацию белка -- декодировать с помощью геометрического алгоритма без учета физ.хим. взаимодействий. Кушелев: Совершенно верно! Я же и говорю, что гибкие участки, в состав которых входит пролин (Pro), могут согнуться/разогнуться после схода белковой молекулы с рибосомы. Их без учёта физико-химических взаимодействий программа Пикотех "не согнёт/не разогнёт". А жёсткие участки может показать уже существующая версия Пикотех, в основе которой лежит геометрический алгоритм. К жёстким участкам относятся альфа-, бета-, пи-, 310-спирали, в т.ч. плавно изогнутые альфа-310-спирали. А таких спиралей в белках - подавляющее количество. Поэтому даже геометрическая версия Пикотех может показать большинство фрагментов белков правильно. А там где встречаются пролины, там можно на первых порах вручную подправить. А в следующих версиях Пикотех можно будет учесть кинематику пролинов. Показывать, как могут гнуться запрограммированные пикомашины. А учёт физико-химических взаимодействий - это ещё сложнее. Поэтому это можно будет учесть уже в будущих динамических версиях Пикотех. Но большой эффективностью обладает не только геометрическая 3D-версия Пикотех, но даже логическая 2D-версия программы Пикотех. Ведь она позволяет исправить вторичную структуру в базе PDB. А это многого стоит, согласитесь И это замыкание экспериментально подтверждено в обоих случаях. Согласны? Конечно, если бы в этих фрагментах встретился Pro, то тогда замыкание могло произойти в результате изгиба аминокислотного остатка Pro (пролина). А жёсткая структура замыкается при изготовлении рибосомой сразу. Так же, как сразу формируется альфа-, бета-, пи-, 310-спираль. Для тех, кто не в теме, сообщаю, что композиционный генетический код возник в процессе эволюции, поэтому он дублирует физико-химические взаимодействия. Другими словами, если запрограммированная композиционным кодом структура частично разрушается под внешним воздействием, то физико-химические взаимодействия её восстанавливают. Это и наблюдается при денатурации и ренатурации белков. Цитата:... способность белков к
самоорганизации, путь которой предопределён последовательностью аминокислот в полипептидной цепи, т. е. её первичной структурой, детерминированной наследств. информацией Кушелев: После открытия композиционного генетического кода эта цитата будет звучать иначе: "способность белков к самоорганизации, путь которой предопределён кодирующей нуклеотидной последовательностью, детерминированной наследств. информацией" Замыкание фрагментов лизоцимов из разных организмов, подтверждённое экспериментально, является убедительным доказательством существования композиционного генетического кода, представленного в таблице (зеленый столбец): Уважаемые коллеги! Все, кто помогает создавать пикотехнологию, рубиновую энергетику, поднимает нашу цивилизацию на новую ступень развития. Всех нас можно поздравить с крупным успехом. Эксперименты в США, Германии и в Израиле подтвердили, что мы находимся на верном пути по трём главным научным направлениям лаборатории Наномир. По теме "Рубиновая/микроволновая энергетика и транспорт" осталось сделать последний шаг, включить готовые источники энергии. Конечно, с помощью магнетрона миллиметрового диапазона создать рубиновую энергетику можно за считанные дни, но для этого нужно доделать номинальный ряд эллипсоидов и рубиновый энергетический конструктор. Спасибо за поддержку!
Что нужно лаборатории для ближайших исследований: Skype, 2016-04-25: [12:51:45] Jocie Lee: Now we have round shape . the maximum size is 11mm
[13:26:01] Jocie Lee: The price is 773 usd/pcs [13:30:11] Кушелев Александр Юрьевич: Thank You very mach! [13:31:24] Кушелев Александр Юрьевич: Do You have diamond box (color, for example yellow) 4x4x1mm ? If Yes, need price... [13:33:50] Кушелев Александр Юрьевич: And I need this forms:
[13:59:46] Jocie Lee: oh...I am sorry. We dont sell box [14:02:33] Кушелев Александр Юрьевич: OK! I wait money from my investors. I need 773usd/pcs diamond. [14:02:49] Jocie Lee: OK [14:03:13] Кушелев Александр Юрьевич: Do You make color diamonds? [14:04:50] Jocie Lee: I think this colorful stone is cubic zirconia [14:05:23] Кушелев Александр Юрьевич: But I need color synthetic diamonds for science experiments :) [14:06:50] Кушелев Александр Юрьевич: I have cubic zirconia, but it has bad electromagnetic parameters. I need color synthetic diamond only. Your diamond size is very good! 1. Заказать алмазный энергетический конструктор. Минимальный заказ 773 USD + EMS доставка. 2. Оплатить покупку или аренду измерительной аппаратуры на диапазон от 4 до 32 ГГц. (От $1000). Идеальный вариант: http://www.keysight.com/en/pd-460865-pn-E8257D/psg-analog-signal-generator?&cc=RU&lc=rus 3. Начать третий этап создания средства для продления жизни: http://nanoworld.org.ru/topic/818/ Книга "Пикотехнология белков" уже в продаже! Менеджеры, которые найдут заказы на структуры белков, получат 80% от суммы заказа! Приглашение к сотрудничеству
|