Выпуск 581

Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и  меркнут чудеса ...

Триумф пикотехнологии 

Материал с форума лаборатории Наномир: 

aest: Делайте такие предсказания по ближнему порядку, которые можно проверить физически или химически в лаборатории с реальными белками. 

Кушелев: Виктория Соколик нашла ещё один лизоцим в базе PDB, где специалисты по РСА угадали замыкание фрагмента через дисульфидный мостик. 

Виктория Соколик: http://www.uniprot.org/uniprot/P61626

В структуре полипептида лизоцима четыре дисульфидных мостика: С24-С146; С48-С134; С83-С99 и С95-С113.

>sp|P61626|LYSC_HUMAN Lysozyme C OS=Homo sapiens GN=LYZ PE=1 SV=1

MKALIVLGLVLLSVTVQGKVFERCELARTLKRLGMDGYRGISLANWMCLAKWESGYNTRA
TNYNAGDRSTDYGIFQINSRYWCNDGKTPGAVNACHLSCSALLQDNIADAVACAKRVVRD
PQGIRAWVAWRNRCQNRDVRQYVQGCGV

Кушелев: DNE-файл фрагмента  С95-С113:

FT CDS  283..339
     ATGAAGGCTC TCATTGTTCT GGGGCTTGTC CTCCTTTCTG TTACGGTCCA GGGCAAGGTC
     TTTGAAAGGT GTGAGTTGGC CAGAACTCTG AAAAGATTGG GAATGGATGG CTACAGGGGA
     ATGAGCCTAG CAAACTGGAT GTGTTTGGCC AAATGGGAGA GTGGTTACAA CACACGAGCT
     ACAAACTACA ATGCTGGAGA CAGAAGCACT GATTATGGGA TATTTCAGAT CAATAGCCGC
     TACTGGTGTA ATGATGGCAA AACCCCAGGA GCAGTTAATG CCTGTCATTT ATCCTGCAGT
     GCTTTGCTGC AAGATAACAT CGCTGATGCT GTAGCTTGTG CAAAGAGGGT TGTCCGTGAT
     CCACAAGGCA TTAGAGCATG GGTGGCATGG AGAAATCGTT GTCAAAACAG AGATGTCCGT
     CAGTATGTTC AAGGTTGTGG AGTGTAA

//  

https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/158289418.3b3/0_16f61f_625eb130_orig.png

Практически весь фрагмент представляет собой архитектурный перевертыш:

 

https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/158289418.3b3/0_16f620_869c84ee_orig.png

А мы уже знаем, что архитектурные перевертыши часто позволяют вернуться в исходную точку белковой "цепи" для образования циклической, т.е. более устойчивой структуры.

https://img-fotki.yandex.ru/get/169883/158289418.3b3/0_16f622_63ae0418_orig.gif 

https://img-fotki.yandex.ru/get/218579/158289418.3b3/0_16f621_2cbc61c5_XL.png

Замкнутый цикл человеческого лизоцима (вид слева и спереди).

Дисульфидный мостик показан желтым пунктиром.

Структура фрагмента человеческого лизоцима тоже замыкается через дисульфидный мостик!

Специалисты, которые проводили РСА угадали! Но, угадали они только ... мостик. Структуру лизоцима (даже вторичную!) они не угадали. По мнению специалистов по РСА на участке лизоцима с 95 по 113 аминокислотный остаток находятся два протяжённых участка альфа-спирали.
https://img-fotki.yandex.ru/get/198860/158289418.3b3/0_16f61f_625eb130_orig.png
Дисульфидный мостик замыкается, но альфа-спиральных участков тут нет smile Кстати, по алгоритму Виктории Соколик тут вообще "нет структуры" smile "Структуры нет", но дисульфидный мостик снова замкнулся!

Мы видим, что во фрагменте человеческого лизоцима цикл замыкается на 18-ом аминокислотном остатке. В курином (chicken) лизоциме фрагмент замкнулся на 22-ом аминокислотном остатке:

 

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/slides/990709/001.jpg
http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/slides/990709/1.gifhttp://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/images/slides/990709/002.jpg

https://img-fotki.yandex.ru/get/172684/158289418.3b3/0_16f6f8_f611e173_XL.jpg

Виктория Соколик: Замыкание дисульфидных мостиков -- это посттрансляционный процесс, который реализуется в ходе фолдинга (созревания) белка. Из рибосомы лизоцим вылазит без мостиков, поэтому их замыкание детерминировано наличием цистеинов в определённых (закодированных) позициях. Вы хотите конечный результат фолдинга -- функциональную конформацию белка -- декодировать с помощью геометрического алгоритма без учета физ.хим. взаимодействий.

Кушелев: Совершенно верно! Я же и говорю, что гибкие участки, в состав которых входит пролин (Pro), могут согнуться/разогнуться после схода белковой молекулы с рибосомы. Их без учёта физико-химических взаимодействий программа Пикотех "не согнёт/не разогнёт". А жёсткие участки может показать уже существующая версия Пикотех, в основе которой лежит геометрический алгоритм.

К жёстким участкам относятся альфа-, бета-, пи-, 310-спирали, в т.ч. плавно изогнутые альфа-310-спирали. А таких спиралей в белках - подавляющее количество. Поэтому даже геометрическая версия Пикотех может показать большинство фрагментов белков правильно. А там где встречаются пролины, там можно на первых порах вручную подправить. А в следующих версиях Пикотех можно будет учесть кинематику пролинов. Показывать, как могут гнуться запрограммированные пикомашины.

А учёт физико-химических взаимодействий - это ещё сложнее. Поэтому это можно будет учесть уже в будущих динамических версиях Пикотех.

Но большой эффективностью обладает не только геометрическая 3D-версия Пикотех, но даже логическая 2D-версия программы Пикотех. Ведь она позволяет исправить вторичную структуру в базе PDB. А это многого стоит, согласитесь smile

И это замыкание экспериментально подтверждено в обоих случаях. Согласны?

Конечно, если бы в этих фрагментах встретился Pro, то тогда замыкание могло произойти в результате изгиба аминокислотного остатка Pro (пролина). А жёсткая структура замыкается при изготовлении рибосомой сразу. Так же, как сразу формируется альфа-, бета-, пи-, 310-спираль.

Для тех, кто не в теме, сообщаю, что композиционный генетический код возник в процессе эволюции, поэтому он дублирует физико-химические взаимодействия. Другими словами, если запрограммированная композиционным кодом структура частично разрушается под внешним воздействием, то физико-химические взаимодействия её восстанавливают. Это и наблюдается при денатурации и ренатурации белков.

Цитата:... способность белков к самоорганизации, путь которой предопределён последовательностью аминокислот в полипептидной цепи, т. е. её первичной структурой, детерминированной наследств. информацией
Конец цитаты.

Кушелев: После открытия композиционного генетического кода эта цитата будет звучать иначе:

"способность белков к самоорганизации, путь которой предопределён кодирующей нуклеотидной последовательностью, детерминированной наследств. информацией"

Замыкание фрагментов лизоцимов из разных организмов, подтверждённое экспериментально, является убедительным доказательством существования композиционного генетического кода, представленного в таблице (зеленый столбец):

http://nanoworld88.narod.ru/data/212_files/0_4840b_b2101c2f_orig.png

Подробнее

Обсуждение


Уважаемые коллеги! Все, кто помогает создавать пикотехнологию, рубиновую энергетику, поднимает нашу цивилизацию на новую ступень развития. Всех нас можно поздравить с крупным успехом. Эксперименты в США, Германии и в Израиле подтвердили, что мы находимся на верном пути по трём главным научным направлениям лаборатории Наномир.

По теме "Рубиновая/микроволновая энергетика и транспорт" осталось сделать последний шаг, включить готовые источники энергии. Конечно, с помощью магнетрона миллиметрового диапазона создать рубиновую энергетику можно за считанные дни, но для этого нужно доделать номинальный ряд эллипсоидов и рубиновый энергетический конструктор.

Спасибо за поддержку! 

 

Что нужно лаборатории для ближайших исследований:

Skype, 2016-04-25:

[12:51:45] Jocie Lee: Now we have round shape . the maximum size is 11mm

 

 

[13:26:01] Jocie Lee: The price is 773 usd/pcs

[13:30:11] Кушелев Александр Юрьевич: Thank You very mach!

[13:31:24] Кушелев Александр Юрьевич: Do You have diamond box (color, for example yellow) 4x4x1mm ? If Yes, need price... 

[13:33:50] Кушелев Александр Юрьевич: And I need this forms:

  

[13:59:46] Jocie Lee: oh...I am sorry. We dont sell box

[14:02:33] Кушелев Александр Юрьевич: OK! I wait money from my investors. I need 773usd/pcs diamond.

[14:02:49] Jocie Lee: OK

[14:03:13] Кушелев Александр Юрьевич: Do You make color diamonds?

[14:04:50] Jocie Lee: I think this colorful stone is cubic zirconia

[14:05:23] Кушелев Александр Юрьевич: But I need color synthetic diamonds for science experiments :)

[14:06:50] Кушелев Александр Юрьевич: I have cubic zirconia, but it has bad electromagnetic parameters. I need color synthetic diamond only. Your diamond size is very good!

1. Заказать алмазный энергетический конструктор. Минимальный заказ 773 USD + EMS доставка. 

2. Оплатить покупку или аренду измерительной аппаратуры на диапазон от 4 до 32 ГГц. (От $1000). Идеальный вариант: http://www.keysight.com/en/pd-460865-pn-E8257D/psg-analog-signal-generator?&cc=RU&lc=rus

3. Начать третий этап создания средства для продления жизни: http://nanoworld.org.ru/topic/818/

Книга "Пикотехнология белков" уже в продаже!

Подробности


Менеджеры, которые найдут заказы на структуры белков, получат 80% от суммы заказа! 

 Приглашение к сотрудничеству

Лаборатория "Наномир" готова к взаимовыгодному сотрудничеству. 

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,  невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

Основные разработки: 

 Микроволновый источник энергии

Работы по созданию новой энергетики (микроволновой) ведутся с 1992 года.

В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. Был проведен первый эксперимент в Дубне. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В марте 2016 года проведен первый этап эксперимента в микроволновой печи. Цель эксперимента - включение рубинового генератора. На первом этапе удалось возбудить рубиновый резонатор до уровня поверхностного пробоя, т.е. до напряжённости 1000 000 вольт на метр. Цель следующего этапа - заставить рубин светиться.

 

 

Для завершающего этапа исследований по созданию микроволновой энергетики не хватает номинального ряда рубиновых резонаторов, который может быть изготовлен на китайской фабрике. Это стоит на порядок дешевле, чем качественная измерительная аппаратура миллиметрового диапазона.

  "Регенерация репродуктивного возраста"

28 сентября 2011г. в Институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "Регенератора репродуктивного возраста". В 2012-ом году мы уже знали, как омолодить лабораторных животных. Это было описано в 281-ом выпуске рассылки "Новости лаборатории Наномир. "Прожиточный минимум вампира"

В 2014-ом году американские ученые смогли реализовать этот вариант омоложения. Тем не менее мы ещё можем успеть первыми создать дешевый регенератор, возвращающий молодость, но для этого необходимо закупить праймеры для идентификации сигналов отключения феноптоза (механизма старения), как это делает эмбрион во время беременности. Если омоложение по-американски обойдётся заказчику в 250-500 долл. ежедневно, то дешёвый вариант омоложения будет стоить всего 20-30 копеек в день.

Программа исследований Презентация Обсуждение

  Пикотехнология 

Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий. Подготовлена к печати монография "Пикотехнология белков".

Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. 

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Определены две структуры белка (пробный заказ) для Испанского заказчика.

В книге "Пикотехнология белков" приведены примеры 100 белковых структур

Цена  заказов -- договорная. 

 Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов 

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)

 

Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703  +7-903-2003424 +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev20120@yandex.ru

веб-мани: WM-кошелек R426964799301 Другие способы перевода