Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ...

По крайней мере о других участниках на сайте CASP ничего не сообщается...

Victoria: ... в природе существует две изоформы этого пептида: одна без Q, другая - с этой аминокислотой. Нам для конкурса нужна вторая изоформа. А Вы можете показать белок без сигнального пептида, а ещё круче димер из 2-х молекул белка? Он функционирует в форме димера.

Kushelev: Для определённости нужно добыть кодирующую последовательность с Q. Иначе получится двойная работа по конструированию модели четвертичной структуры димера. Я нашёл ген 16-ой хромосомы. Там написано:

interleukin 34, transcript variant 1 77066..77227 cagag ggcccaggtg agcgagcggg agctgcggta ...

interleukin 34, transcript variant 2 77069..77227 ag ggcccaggtg agcgagcggg agctgcggta ...

Это и есть два варианта нуклеотидных последовательностей? Отличаются как раз на один триплет...

AATGAGGAGT GCACTGTCAC GGGTTTTCTG CGGGACAAGC TGCAGTACAG GAGCCGACTT CAGTACATGA AACACTACTT CCCCATCAAC TACAAGATCA GTGTGCCTTA CGAGGGGGTG TTCAGAATCG CCAACGTCAC CAGGCTG

Короче, 2-ой вариант. Сейчас сделаю pdb-файл второго варианта R 0007. Первый можете выкидывать.

Kushelev: Вы не могли бы написать окончательную последовательность для изоформы 1?

Кушелев: Благодарю. Теперь полная ясность. Сейчас попробую сделать модели димеров двух типов.

Из разных изоформ получатся диметры-манипуляторы, которые взаимодействуют с неким объектом разными кромками красных концов. Например, первый будет взаимодействовать гидрофильными кромками, а второй - гидрофобными. Или наоборот

Возможно, что димеры выполняют функцию медицинских зажимов, т.е. не дают раскрыться какому-нибудь сложному объекту.

Пикотехнологическая модель димера интерлейкина-34/interleukin-34 (изоформа 2)

Victoria: Как правило интерлейкины взаимодействуют со своими рецепторами. Это сигнальные молекулы воспалительного процесса.

Kushelev: Понятно. Тогда интересно посмотреть на структуру рецепторов

Кушелев: Давайте доделаем. А для этого нам нужна кодирующая нуклеотидная последовательность для этих белков. Есть шанс её получить?

Victoria: Предыдущие нуклеотидные последовательности я находила как раз по названию белка, которое они указывают (код белка) в самом файле этого белка, опция EMBL. Но оставшиеся задания (R0003 и R0008) в PDB даже не значатся.

Кушелев: Тогда нужно объяснить организаторам CASP, как я это сделал в 1998-ом году, что наша модель работает только с нуклеотидными последовательностями. После этого попросить их связаться с лабораториями, где предоставили аминокислотные последовательности и взять у них нуклеотидные. Если это оказалось возможным в 1998-ом году, то почему невозможно в 2012-ом?

Здесь можно прочесть, как начиналась переписка с организаторами конкурса, где они согласились дать мне нуклеотидные последовательности всех 43 конкурсных белков: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/e_mail/20010111/leszek.txt

Если они откажут, то мы сможем сделать только модели тех белков, нуклеотидные последовательности которых сможем найти сами. Им же хуже. Меньше инфы получат.

Victoria: А.Ю., они уже отказали: We don't get nucleotide sequences from the experimentalists.

Kushelev: Мне то же самое писали в 1998-ом году. После этого я попросил их связаться с лабораториями, где исследуют белки. Они же знают, что они исследуют? Организатор CASP3, Lesek связался с лабораториями и получил от них нуклеотидные последовательности. Все 43 штуки. Вы видите, что мне прислали все 43 последовательности: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/e_mail/20010111/leszek.txt

Поэтому нужно просто объяснить организаторам, чтобы они поняли, что потратив несколько минут времени они получат на халяву структуры белков. Lesek это понял. Надеюсь, что организаторы CASP 2012 года не глупее его.

Вы напишите организатором приблизительно следующее: Уважаемые организаторы CASP10! Наша система моделирования белковых структур может работать только с кодирующими нуклеотидными последовательностями белков. Если мы не сможем их получить, то не сможем прислать результаты моделирования по тем белкам, для которых нет нуклеотидной последовательности. Не могли бы Вы в виде исключения связаться с лабораториями РСА и попросить их прислать для нас нуклеотидные последовательности конкурсных белков?

Вот такое научное исследование с интригующим названием

Допустим, что мы решили технические проблемы и смогли оставить от человека только мозг, например, в инкрустированном нефритом черепе. Сколько нужно крови, чтобы обеспечить нормальную работу мозга? Если на 10 кг веса человека приходится приблизительно 1 литр крови, то на мозг с искусственными лёгкими хватит 0.5 литра с запасом. Допустим, что кровь нужно менять ежедневно. Для этого достаточно 2-3 доноров, сдающих по 200мл крови в день. Сколько это стоит?

Судя по компенсации 500 рублей за 200 грамм, цена донорской крови находится в интервале от 1000 до 5000 рублей (от 30 до 150 долл.) Таким образом, нашему гипотетическому вампиру нужно (по максимуму) от 150 до 500 долл. в сутки. Если же искусственный организм вампира оборудован дополнительными органами, которые позволяют снизить ежедневное потребление крови, то прожиточный минимум может опуститься на порядок и более.

Понятно, что вампиризм - это возможная временная мера для того, чтобы "дожить до лучших времён" тем, кто не может сохранить целиком собственное тело, но может оплатить донорскую кровь. И конечно же при условии, что научный прогресс дошёл до реализации "жизни вампира"

Цитата: Вампир — относительно бессмертное существо, убить его можно, но он — не стареет. В различных произведениях европейского фольклора упоминаются вампиры, возраст которых составляет более 1000 лет. Вампир — это сверхъестественное существо и обладает физической силой, которая во много раз превосходит силу человека, не говоря уже о сверхъестественных способностях ... Они не стареют с возрастом, наоборот, становятся твёрдыми, похожими на изваяние с гладкой, белой кожей.

Кушелев: Итак, мы видим, что речь идёт о существах, обладающих сверхчеловеческими возможностями. А это у нас ... инопланетяне. Искусственное тело действительно может быть многократно сильнее человеческого, может быть модульным, т.е. разделяться и снова собираться. Тем не менее отделение головы может быть смертельным, если искусственные лёгкие находятся за пределами черепа, что естественно для первых моделей вампиров. Продвинутые модели могут быть с увеличенным черепом, вмещающим искусственные лёгкие и сердце. В такой модели голову можно отрубать без последствий

Продвинутая модель черепа по существу является "летающей тарелкой" с мозгом, искусственными лёгкими и искусственным сердцем. Кстати, если в кровь добавлен агент для замораживания, то в критической ситуации мозг может быстро замораживаться, а "тарелка" переходить на автопилот, т.е. улетать в безопасное место, а дальше - реанимация мозга

Kushelev: Любопытно... Но речь идёт не о месяце жизни, а о вечно-молодой жизни. А для этого нужно либо отключить выработку фактора старения, либо ежедневно обновлять кровь. Вероятно, поллитра крови ежедневно - перебор, так я же и написал "по максимуму"

для людей умеющих самостоятельно мыслить; не просто умных, а мудрых, которые чувствуют, где истина

Лаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее.

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень, невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

Основные разработки:

Микроволновый источник энергии

В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом году, вероятно, можно будет создать микроволновую энергетику, т.к. удалось найти сырьё (рубин #8), из которого сделаны рубиновые шарики для эксперимента в Дубне.

Параллельно началась серия экспериментов на ускорителе "B" в диапазоне 20 ... 140 ГГц.

"Эликсир вечной молодости"

28 сентября 2011г. в институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. Продолжаются переговоры с потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта.

Программа исследований Презентация

Пикотехнология

Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий.

Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.

Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).

В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.

Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.

Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.

Первые 10 заказов -- бесплатно . Цена следующих заказов -- договорная.

Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)

Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru