Выпуск 282
Лаборатория Наномир
Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и
меркнут чудеса ...
Фильм "Путешествие в Наномир" c английскими субтитрами.
Продолжаем участвовать в международном конкурсе CASP10
http://nanoworld88.narod.ru/pdb/R0008_01.pdb
Victoria: Я ещё раз попросила у CASP нуклеотидные последовательности для их Target:
Ask to send, please, experimenters for me sequences of the nucleotide coding their peptides (R000n).
Our program works by analogy to a ribosome, because it predicts structure only such proteins that are synthesized by a matrix way at determining of its nucleotide sequences. For R0001, R0005, R0006 and R0007 we found this information in GenBank. Nucleotide sequences have not detected at all. Our method it isn’t applicable for the artificial peptides, synthesized by not a matrix way.
To me not to do without nucleotide sequences in yours CASP experiments anyway.
Help, please .
Ждём ответ .
R0008 (384 аминокислотных остатка) (PyMOL, mesh)
Почему нужно ввести новый стандарт представления белковых структур?
Каждые 2 года проводится конкурс определения белковых структур, CASP. В 2012-ом году стартовал CASP10: http://predictioncenter.org/casp10/index.cgi
Автоматизация модельных пикотехнологических экспериментов открывает золотой век пикотехнологии.
Лаборатория Наномир уже не первый раз принимает участие в международном конкурсе CASP. В прошлый раз организаторы конкурса поступили некорректно. Участники конкурса полтора месяца определяли и присылали результаты на конкурс. На сервере были накоплены результаты от 33 участников по 43 структуры: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/e_mail/20010111/cafasp.htm
Накануне подведения итогов конкурса данные не сервере внезапно изменились. Число участников неожиданно уменьшилось с 33 до 28. Организаторы объяснили это "техническими причинами", но нетрудно догадаться, что они просто избавились от лишних участников, уничтожив их данные, которые накапливались полтора месяца на сервере международного конкурса.
В 2012-ом году организаторы поступили ещё хитрее. Они вообще скрывают список участников конкурса, чтобы можно было незаметно избавиться от любых участников. Но в век Internet сделать это становится практически невозможно, т.к. каждый участник может опубликовать в Internet свои результаты независимо от желания организаторов конкурса...
Но это лишь "надводная часть айсберга" ...
Ещё в 1998-ом году я предложил организаторам CASP ввести новые стандарты для
представления вторичной и третичной структур белка. Дело в том, что используемый
стандарт позволят отличать лишь спиральные участки белка от всего остального.
Это слишком грубо. Ведь уже известно существование не только альфа-спирали, но и
310-спирали, пи-спирали, бета-спирали и множество специфических участков белка,
которые не отражены в стандарте представления данных на конкурсе CASP.
В
1998-ом году организаторы конкурса написали, что рассмотрят моё предложение, но
прошло 14 лет, "а воз и ныне там": http://nanoworld88.narod.ru/forum/casp/index.htm
Тем не менее лаборатория Наномир снова участвует в конкурсе CASP и публикует собственные данные по мере их поступления. Поэтому все желающие могут следить за развитием событий.
Кстати, а Вы не желаете принять участие в международном конкурсе CASP10 ?
Victoria: Silvia Crivelli (LBNL, UC Davis, член CASP с 1998) организует совместную группу, чтобы участвовать в CASP10 и возможно в CASP ROLL, если успеет. Этот совместный эксперимент позволит различным группам или индивидуумам работать над различными компонентами предсказания структуры белка (такими как выравнивание, моделирование петли, выигрыш, и т.д.) таким образом позволяя усилить экспертизу в большем масштабе. Начальная цель состоит в том, чтобы сосредоточиться на задачах. Определенные группы могут участвовать в совместном решении всех задач с самого начала, в то время как другие могут сделать только несколько из них.
Если Вы хотели бы узнать больше об этом намерении, пожалуйста, посетите wefold.wordpress.com или свяжитесь с Сильвией непосредственно в SNCrivelli@lbl.gov.
Дама стратегически мыслит, сколачивая большую группу с разделением труда для участия в конкурсе CASP ROLL .
Kushelev: Может быть напишем ей, расскажем о пикотехнологии? Нам любые зацепки могут помочь выйти на рынок белковых структур. Если предложит объединить усилия, то почему бы и нет? Главное условие, чтобы наше участие было задокументировано. Всё остальное - мелочи. ... если у нас есть наиболее точные координаты атомов, а у Сильвии есть другие возможности, которых нет у нас, то объединение усилий - это шанс на победу по многим параметрам. Ведь CASP - это всего лишь тактика, а выход на клиентов - часть стратегии...
Гиперспираль белка M81
Схема вторичной структуры белка M81 показывает повторяющиеся участки:
"Распущенная" гиперспираль
3,1,1,2,1,2,1,1,1,1,3,2,2,4,1,4,4,1,4,1,4,3,1,1,1,4,4,4,1,1,
Повторяющийся участок композиционного кода.
Разомкнутый виток гиперспирали.
Виток разделён на три гнутых участка альфа-спирали, разделённых гибкими пролинами. В составе альфа- и 310-спиралей пролин менее гибкий, т.к. стабилизирован водородными связями. таким образом мы приходим к выводу, что гиперспираль этого белка близка в сечении к криволинейному треугольнику.
Атом, принадлежащий пролину (Pro22), помечен зелёным цветом. Именно в этом месте нужно согнуть модель белка
Попробуем собрать виток гиперспирали белка в виртуальном пространстве 3DS Max...
Согнём виток гиперспирали белка на пролине 12 и на пролине 22. В результате получается виток вовсе не треугольного, а вполне круглого сечения!
Так выглядит один виток этой необычной гиперспирали белка.
Модель гиперспирали. Конечно, эта модель имеет разную точность в разных участках, но даёт представление о гиперспирали белка. Более точную модель можно будет построить позже, когда появятся технические возможности...
Эндолизин, да не тот...
Кушелев: Нашёл нуклеотидную последовательность эндолизина, но другого:
FT CDS <8..305
ACTTTGAAGGAAAATATATTACGCAGCAAACTCGCTGCTACTATATCGTACATATCTAGA
CCAGCTCCAACGTACCATTGAAGTTCTTGATTCGCTCATCGAGGATAATGGAGCTCAGAA
CCCAATCACCATCCCGAGACAACTCGCCCTCGAGCCTTTGACCTCCATCAACAAGACGCA
CATTTCGCGCCGAGTTTCCGAATCCACCACCACCTTGGCTACCACCGCCAGGGACCTGGA
GGGTCTGTCCAGGGTAAATCAGGTCAGGGTTGCTAATGTTGTTCTGCCGAGCAATCTCTT
CGAATGAAGTGTTGAATCGGGCAGCAATGCTTCGGAGAGTGTCTCCGTGCTGGACTGTGA
CCTGGGAAGAACCACCGTGATGGCCGCCAGCAGACCAACGGAAGCTTCCTCTATCATTCT
CCAGTAGCTTGTTGAGGGAGATGGATGTGTGCTGGTAGTCG
//
Эндолизин (PuMOL, mesh)
Уважаемая Виктория! Давайте пошлём этот pdb-файл на конкурс с оговоркой, что это - структура другого эндолизима, нуклеотидную кодирующую последовательность которого нам удалось найти в генбанке. Если организаторы найдут нуклеотидную последовательность конкурсного эндолизина, то они смогут получить и его структуру. А если не смогут, значит "не судьба"...
Администрация форума Molbiol.ru считает международный конкурс CASP темой, недостойной для обсуждения...
Что читают в Универе?
Если приглядеться внимательнее, то нетрудно понять, что в руках у актёра вовсе не "Техника Молодёжи" 1990 года, а какой-то другой журнал... Какой?
Уголок Остапа Бендера
Y: Здравствуйте, Александр Юрьевич!
Прочитал Ваше сообщение на форуме Нановорлд Вашем об инвесторе. И желании инвестора создать ООО на его условиях. Как высококвалифицированный юрист, могу сказать следующее. Ситуация, когда ООО создано на Вас и печать у них, скажем чревата весьма существенными последствиями. Порой большими проблемами. Печать - это основное. С помощью печати можно столько договоров заключить (взятие кредитов, оказание услуг и т.д. и т.п.), что влезете в такие долги, что потом придется кусать локти. Если у них есть желание - значит они должны работать не столько на ваших условиях, сколько по закону, а не по понятиям. Грубо говоря, могут кинуть на очень большие деньги. Подделка подписи - сейчас плевое дело фактически 2) Представьте ситуацию - дело не выгорело. Придется закрывать ООО. А это бюрократический герморрой: это объявление в газету о ликвидации общества, месяц для предъявления требований кредиторов (даже если их нет все равно придется месяц ждать). Составление промежуточного и окончательного ликвидационного баланса и т.д. и т.п. И срок закрытия средний примерно 4-6 месяцев. К тому же огромные очереди в московской налоговой. Кроме того, создав ООО придется раз в 3 месяца наведываться в налоговую сдавать отчетность. Пусть и нулевую, но это обязательно. Иначе штрафы. Опять же огромные очереди. Лучше и проще всего Вам в налоговой ИП открыть. На порядок все проще и со сроками. В том числе со сроками закрытия (если понадобится). В этом случае с ИП нет таких бюрократических правил как с обществом. Так что думайте. Но если желаете создать ИП или ООО - могу безвозмездно подготовить вам документы и консультировать. За работу денег не возьму. Расплатитесь только если у вас дела пойдут. Имею ввиду проценты от вашей деятельности. Так что думайте. Я всегда на связи. С уважением, *****
Кушелев: Упс... Говорил мне папа: "Нигде, ничего не подписывай!" Огромное спасибо! Приятно иметь дело с высококвалифицированным профессионалом! Ваше предложение принято! Как Вы советуете начать продвижение пикотехнологии на рынок?
Техническое оснащение лаборатории Наномир...
Уважаемые соинвесторы лаборатории Наномир!
Для оперативной связи в скайпе нужен нетбук. Имея такую связь можно более
оперативно решать задачи. Надеюсь на понимание 
Приглашение к сотрудничеству
Лаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее.
В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень, невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив
материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.
Вклад каждого не останется незамеченным в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.
Основные разработки:
Микроволновый источник энергии
В 2011 году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом году, вероятно, можно будет создать микроволновую энергетику, т.к. удалось найти сырьё (рубин #8), из которого сделаны рубиновые шарики для эксперимента в Дубне.
Параллельно началась серия экспериментов на ускорителе "B" в диапазоне 20 ... 140 ГГц.
"Эликсир вечной молодости"
28 сентября 2011г. в институте геронтологии (г.Киев) начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. Продолжаются переговоры с потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта.
Программа исследований Презентация
Пикотехнология
Созданы первые версии пикотехнологии (выпуски рассылки 212 270 271 272 ), с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий.
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.
Первые 10 заказов -- бесплатно . Цена следующих заказов -- договорная.
Сотрудничество может быть различным:
- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)
- совместное создание коммерческого продукта
- поиск инвесторов
- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов
- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир
- содействие в проведении экспериментов
и т.п.
- написание совместных научных статей и т.п.
- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)
Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.
+7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru
веб-мани: WM-кошелек R426964799301