Subscribe.Ru : Новости лаборатории Наномир

Выпуск 243

 Лаборатория Наномир

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ...

Чтобы смоделировать одну тРНК придётся смоделировать ... все!

Материал с форума лаборатории Наномир:

Виктория:  Вы пока не смогли сделать скрипт для одной из простейших тРНК аланина, но при этом "Давайте смоделируем все тРНК".  Лучше давайте сделаем универсальный скрипт, который будет строить любую тРНК.

Кушелев: Мой опыт подсказывает, что нужно изучить все тРНК. За какую-то удастся зацепиться, а там и все остальные модели получатся smile

Victoria: Косыми линиями обозначены комплементарные нуклеотиды, которые спариваясь формируют вариабельный стебель.

Кушелев: Вы не могли бы объяснить для простого человека, какие конкретно нуклеотиды образуют эту конкретную петлю, и с какими конкретно нуклеотидами они спариваются. Глядя на эту строчку, я не могу понять, какова структура вариабельной петли. Непонятно даже, сколько в этой конкретной петле нуклеотидов. 6?

        Вы не могли бы нарисовать структурную схему этой петли? Что-то типа такого:

        U-A
        G-C
        C-G
        U U
        G-C

        Тут понятно, что U спаривается с A, U с U не спаривается, а затем G спаривается с C.

Виктория: Эта таблица составлялась год назад для других целей, я уже не помню последовательность комплементарных нуклеотидов, которые скрываются за косыми линиями.
    Посмотрите базу данных тРНК:

http://img-fotki.yandex.ru/get/5807/sokolik1867.5/0_5a146_35270513_orig

    http://img-fotki.yandex.ru/get/5807/sokolik1867.5/0_5a146_35270513_XL.jpg
    http://fotki.yandex.ru/users/sokolik1867/view/368966/

Кушелев: Что-то я на этой схеме вообще не могу найти вариабельную петлю. Можете её обрисовать красненьким кружочком?

 

Теперь понятно (в верхней строке подчеркнуто красным и синим цветом). Благодарю за ликбез!
Если вариабельные петли бывают такими, т.е. с протяжёнными (4 нуклеотида с комплементарными парами) спаренными участками, значит они нужны вовсе не для поворота аминокислоты на некий добавочный угол. Похоже, что вариабельные петли нужны для балансировки тРНК. А дополнительный поворот аминокислоты может осуществляться подбором "комплементарных" минорных оснований. В любом случае, вариабельная петля, где всего два неспаренных нуклеотида и два спаренных, откуда "растёт" спаренный участок, это уже лучше, чем то, что изображено на схеме:

http://nanoworld88.narod.ru/data/216_files/0_49b98_15e63d3_orig.jpg
Подробнее


 Зачем нужна балансировка тРНК?

Дело в том, что радикалы аминокислот могут существенно отличаться. Например, радикал глицина - протон, а радикал аргинина - группа COOH, да ещё на "цепи", состоящей из нескольких групп CH2. Аргинин сбалансировать труднее, чем глицин. Интересно сравнить вариабельные петли для глицина и аргинина, для аланина и тирозина, для серина и триптофана. Чем длиннее и массивнее радикал аминокислоты, тем длиннее и/или массивнее должна быть петля-балансир.

А судя по таблице, которую можно посмотреть по той же ссылке, в тРНК встречается немеренное количество минорных нуклеотидов. Вы можете представить себе

I6A - N6-isopentenyladenosine? Какова у него структурная формула?

или m5C - 5-methylcytidine Там один метил или 5?

А, понятно, один.

m22G - N2,N2-dimethylguanosine - а здесь точно два метила.

m22Gm - N2,N2,2'-O-trimethylguanosine - а здесь точно три метила.

http://www.biolsci.org/v06/p0172/ijbsv06p0172g03.jpg
http://www.biolsci.org/v06/p0172/ijbsv06p0172g04.jpg
Источник информации.

Кушелев: На этой схеме есть тРНК вообще без вариабельной петли.

tRNA Ser (AGN)

Вот с неё-то мы и начнём моделирование перекрестия тРНК!


 Пикотехнологическая модель метилинозина - ключ к разгадке структуры антикодоновой петли тРНК.

Сегодня, 2011-06-06, мне удалось смоделировать минорное основание тРНК, точнее нуклеотид метилинозин в виде скрипта:

metil = copy m3 wirecolor: [255,0,0]
metil.material = newmat[1]
...
if (seq[k] == nucl[9]) then (
metil01 = copy metil
metil01.material = newmat[1]
move metil01 [0,53.5,0]
metil01.pivot = [0,0,0]
rotate metil01 -125.27 [0,0,1]
move metil01 [15,-3,0]
attach element1 metil01)
...
delete metil

http://img-fotki.yandex.ru/get/5408/nanoworld2003.2b/0_50219_b378e4fb_S.gif
Именно модель метилинозина оказалась ключевой при моделировании антикодоновой петли тРНК. Эта петля в комплексе с триплетом иРНК была смоделирована из пластмассовых моделей нуклеотидов ранее: http://nanoworld88.narod.ru/data/227.htm

http://nanoworld88.narod.ru/data/227_files/0_4829f_ebf358c0_XL.png


 Виртуальная модель диметилгуанина 2-methyl-guanin

http://img-fotki.yandex.ru/get/5305/nanoworld2003.2b/0_5021c_2480621b_S.gif


Как я догадался, что атомы в азотистых основаниях расположены в шахматном порядке...

http://www.xumuk.ru/encyklopedia/481_500-29.jpg


Бытует мнение, что порфириновое кольцо образовано из 5- и 6-членных циклов. В действительности, это квадратная пластина 5х5х1, в центре которой расположен либо атом магния (основа хлорофилла), либо железа (основа гемоглобина), либо кобальта (основа витамина B12), либо другого химического элемента.


 http://img-fotki.yandex.ru/get/5305/nanoworld2003.2b/0_50259_37d48b48_L.jpg


http://img-fotki.yandex.ru/get/5608/nanoworld2003.2b/0_5025c_b3664499_L.jpg

http://img-fotki.yandex.ru/get/5110/nanoworld2003.2b/0_5027b_11af082_orig.gif

Пикотехнологическая модель порфиринового кольца.

Перед Вами кольцегранная пикотехнологическая модель порфиринового кольца. Каждая пара колец изображает сопряжённый атом углерода или азота (внешние 2 электрона). Шариками условно показаны ядра атомов.

Бытует мнение, что порфириновое кольцо образовано из 5- и 6-членных циклов. В действительности, это квадратная пластина 5х5х1, в центре которой расположен либо атом магния (основа хлорофилла), либо железа (основа гемоглобина), либо кобальта (основа витамина B12), либо другого химического элемента.


 http://img-fotki.yandex.ru/get/5706/nanoworld2003.2b/0_5025e_ac3d264b_orig.gif

Пикотехнологическая модель витамина B12,

в основе которого лежит порфириновое кольцо с ионом кобальта в центре.

Скрипт для построения модели порфиринового кольца:

aa = #(); ax = #(); anuk = #()
newmat = multimaterial name:"MyMultiMat" numsubs: (14)
newmat[1].faceted = on
newmat[2].faceted = on
newmat[3].faceted = on
newmat[4].faceted = on
newmat[5].faceted = on
newmat[6].faceted = on
newmat[7].faceted = on
newmat[8].faceted = on
newmat[9].faceted = on
newmat[10].faceted = on
newmat[11].faceted = on
newmat[12].faceted = on
newmat[13].faceted = on
newmat[14].faceted = on
newmat[1].diffuse = (color 200 0 0)
newmat[2].diffuse = (color 200 100 100)
newmat[3].diffuse = (color 0 200 200)
newmat[4].diffuse = (color 0 0 200)
newmat[5].diffuse = (color 100 0 200)
newmat[6].diffuse = (color 200 0 200)
newmat[7].diffuse = (color 150 0 0)
newmat[8].diffuse = (color 100 50 0)
newmat[9].diffuse = (color 0 80 50)
newmat[10].diffuse = (color 100 100 100)
newmat[11].diffuse = (color 0 200 0)
newmat[12].diffuse = (color 200 200 0)
newmat[13].diffuse = (color 255 255 255)
newmat[14].diffuse = (color 0 0 0)
ai = #(1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,0,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1,1)
element1 = sphere radius:0.25 segs:20 position:[0,0,0] wirecolor: [0,0,0]
Converttomesh element1
for i = 1 to 5 do for j = 1 to 5 do (n = i + 5*(j-1)
if ai[n] > 0 then (anuk[n] = sphere radius:0.5 segs:20 position:[10*(i-5),10*(j-5),0] wirecolor: [0,0,0]
Converttomesh anuk[n]
anuk[n].material = newmat[14]
attach element1 anuk[n]))
-- element1.material = newmat[1]))

for i = 1 to 5 do for j = 1 to 5 do (n = i + 5*(j-1)
if ai[n] > 0 then (aa[n] = torus radius1:4.8 radius2:0.4 segs:20 sides:12 position:[10*(i-5),10*(j-5),10*0.5] wirecolor: [255,0,0]
aa[n+25]=copy aa[n] wirecolor: [255,0,0];move aa[n] [0,0,-10]; Converttomesh aa[n]; Converttomesh aa[n+25]
aa[n].material = newmat[1]
aa[n+25].material = newmat[4]
attach element1 aa[n];attach element1 aa[n+25])
-- element1.material = newmat[1]
)
for j = 1 to 4 do(
ax[j] = torus radius1:4.8 radius2:0.4 segs:20 sides:12 position:[-45,10*(j-4),0] wirecolor: [255,0,0]
Converttomesh ax[j]
rotate ax[j] 90 [0,1,0]
if j == 4 then (rotate ax[j] -45 [0,0,1]; move ax[j] [1.5,3.5,0]))
attach ax[1] ax[2]
attach ax[3] ax[4]
attach ax[1] ax[3]
bx = copy ax[1]
bx.pivot = [-20,-20,0]
rotate bx 90 [0,0,1]
attach ax[1] bx
cx = copy ax[1]
cx.pivot = [-20,-20,0]
rotate cx 180 [0,0,1]
attach ax[1] cx
ax[1].material = newmat[13]
attach element1 ax[1]
move element1 [20,20,0]
element1.pivot = [0,0,0]
element1.rotation.controller[2].controller.value = 0
animate on
at time 100 element1.rotation.controller[2].controller.value = 360


 Пикотехнологическая модель молекулы воды.

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/20010502/24.gif

Скрипт, по которому построена пикотехнологическая модель молекулы воды:

-- Water molecule structure (H2O)
-- Created by: Alexander Kushelev
-- http://nanoworld.narod.ru
--a = #()
--b = #()
--num = 12
--r = 10
--alfak = 360 / num
--for i = 1 to num do (
--alfa = i * alfak
--a[j] = [r * cos(alfa),r * sin(alfa),0]
--if (j > (num-1)) then b[j] = [2,num,1] else if (j > (num-2)) then b[j] = [1,num-1,num] else b[j] = [j+2,j,j+1])
--m = mesh vertices: a \
--faces: b wirecolor:[0,0,255]
m = torus radius1:9 radius2:1 segs:20 sides:12 position:[0,0,0] wirecolor:[0,0,255]
rotate m 90 [0,1,0]
move m [1.4*r , 0, 0]
m.pivot = [0,0,0]
rotate m -35.27 [0,1,0]
rotate m 45 [0,0,1]
m1 = instance m wirecolor:[255,0,0]
rotate m1 90 [0,0,1]
m2 = instance m1 wirecolor:[0,0,255]
rotate m2 90 [0,0,1]
m3 = instance m2 wirecolor:[255,0,0]
rotate m3 90 [0,0,1]
m4 = instance m3 wirecolor:[0,0,255]
rotate m4 90 [1,0,0]
m5 = instance m4 wirecolor:[255,0,0]
rotate m5 90 [0,0,1]
m6 = instance m5 wirecolor:[0,0,255]
rotate m6 90 [0,0,1]
m7 = instance m6 wirecolor:[255,0,0]
rotate m7 90 [0,0,1]
m8 = torus radius1:6 radius2:0.7 segs:20 sides:12 position:[0,0,5] wirecolor:[0,0,255]
m9 = torus radius1:6 radius2:0.7 segs:20 sides:12 position:[0,0,-5] wirecolor:[255,0,0]
m10 = sphere radius:0.5 segs:20 position:[2*r,0,0] wirecolor:[255,255,0]
m10.pivot = [0,0,0]
rotate m10 -35.27 [0,1,0]
rotate m10 45 [0,0,1]
m11 = instance m10 wirecolor:[255,255,0]
rotate m11 180 [0,0,1]
m12 = sphere radius:1 segs:20 position:[0,0,0] wirecolor:[255,255,0]
max tool zoomextents all


 Продолжение переговоров с потенциальным инвестором.

itec01: вопрос к Кушелеву - я могу купить например 50 рубиновых шариков по 10мм  у компании http://www.melleroptics.com/buyonline.asp  и  отправить в Москву, там их получат и првезут к вам домой, могу договориться через   http://www.nikiet.ru/rus/news/index.html о проведении экспериментов или на ускорителе или на установке электронно-лучевой сварки, которыми он ТВЭЛы варят. НО зачем это  нужно делать? Какой смысл в этом  даже при получении положительного результата ? Какой смысл в этом для меня?

Кушелев, можете дать какой-то вразумительный ответ на вопрос, а чем это нужно? Ну предположим "загорелись" рубиновые шарики и ЧТО с ТОГО, ЧТО ДАЛЬШЕ ТО? Какой практический результат можно получить с этого и как?

Кушелев: Если будет включен рубиновый генератор, состоящий из 4 рубиновых шариков диаметром ~10 мм, то от них можно будет включить номинальный ряд генераторов, т.е. и в сторону увеличения длины волны, и в сторону уменьшения.

В миллиметровом диапазоне можно будет получать ~10 кВт непрерывной мощности с кубического сантиметра.

Современную технику можно будет перевести на автономное питание. Например, на жёсткий диск компьютера можно будет закрепить микроволновый двигатель из миниатюрных рубиновых шариков, и он будет не потреблять, а вырабатывать ток для всего компьютера.

Это же относится и к другой технике: Стиральным и швейным машинам, токарным и фрезерным станкам, автомобилям и вертолётам, которые можно будет сначала избавить от бензобаков, а потом и от ДВС.

itec01: Если будет включен рубиновый генератор, состоящий из 4 рубиновых шариков диаметром ~10 мм, то от них можно будет включить номинальный ряд генераторов, т.е. и в сторону увеличения длины волны, и в сторону уменьшения.

В миллиметровом диапазоне можно будет получать ~10 кВт непрерывной мощности с кубического сантиметра.

И что дальше ? какой практический результат можно получить с этого и как, в общем без тех.подробностей?

Кушелев: А пока готовится эксперимент в Дубне по включению рубинового генератора, Вы можете найти менеджеров по продажам наукоёмкого ПО, т.е. пикотехнологии. Лицензированную Пикотех можно продавать по ~100 000 евро за копию.

Автомобили можно будет не заправлять бензином, а ездить на рубиновых двигателях. Самолёты тоже можно переоборудовать на рубиновые двигатели. И всю технику.


 Приглашение к сотрудничеству

для людей умеющих самостоятельно мыслить; не просто умных, а мудрых, которые чувствуют, где истина

Лаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть  сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее.

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,  невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным  в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

В этом году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом же году, вероятно, можно будет создать микроволновую энергетику, т.к. удалось найти сырьё (рубин #8), из которого сделаны рубиновые шарики для эксперимента в Дубне.

28 сентября начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. Продолжаются переговоры с потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта.

Созданы первые версии пикотехнологии, с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий.

Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)


Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

+7-926-5101703, +7-903-2003424, +7-916-8265031, Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru

веб-мани: WM-кошелек R426964799301