Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ...
Прочтём РНК-инструкцию, как отключать старость?
Раствор с праймером распределяют по четырём пробиркам, в каждой из которых находятся четыре дезоксинуклеотида, dATP, dCTP, dGTP и dTTP (один из них — меченный радиоактивным изотопом) и один из четырёх 2',3'-дидезоксинуклеотидов (ddATP, ddTTP, ddGTP или ddCTP). Дидезоксинуклеотид включается по всем позициям в смеси растущих цепей, и после его присоединения рост цепи сразу останавливается.
В результате этого в каждой из четырёх пробирок при участии ДНК-полимеразы образуется уникальный набор олигонуклеотидов разной длины, включающих праймерную последовательность. Далее в пробирки добавляют формамид для расхождения цепей и проводят электрофорез в полиакриламидном геле на четырёх дорожках. Проводят радиоавтографию, которая позволяет «прочесть» нуклеотидную последовательность секвенируемого сегмента ДНК.
В более современном варианте дидезоксинуклеотиды метят четырьмя разными флуоресцентными красителями и проводят ПЦР в одной пробирке. Затем во время электрофореза в полиакриламидном геле луч лазера в определённом месте геля возбуждает флуоресценцию красителей, и детектор определяет, какой нуклеотид в настоящий момент мигрирует через гель. Современные приборы используют для секвенирования ДНК капиллярный электрофорез.[3]
8 января 2014 года состоялась первая трансляция на тему "Прочтём сигнал РНК, отключающий старение" с участием Ирины Пишель (геронтолога из Киева): https://www.youtube.com/watch?v=R9G52wySCDU (с первой по 12 минуту интернет-трансляции)
Skype, 2014-01-21:
[12:30:06] Кушелев Александр Юрьевич: Привет!
[12:40:03] Leonid Degtyarev: добрый день. Дай мне ссылу о мышах...у меня все потерялось. где это можно найти ? Быстро.
[13:35:59] Кушелев Александр Юрьевич: https://www.youtube.com/watch?v=WcMMOvj60cM
[13:36:04] Кушелев Александр Юрьевич: Вчерашняя трансляция
[13:37:03] Кушелев Александр Юрьевич: Начинается с 30-ой минуты
[13:37:14] Кушелев Александр
Юрьевич: Подключается Ирина Пишель из Киева. И до 53-ей минуты и Виктории Соколик (молекулярный биолог из Харькова) Читать дальше
Кушелев: Если на вечную молодость будут собирать так же, как на лечение одного человека, то планета омолодится
за считанные месяцы 
Едем в Минздрав!
Цена структуры белка, полученной по старой технологии...
Виктория Соколик: В настоящее время перед исследователями протеома стоит нелёгкий выбор между использованием гомологии (т.е. навязывания близкой, но не его уникальной, структуры) неизвестному белку, либо вероятностное моделирование с очень жестким ограничением по размерам полипептида и времязатратности.
Наши исследования [1-6] привели к новому методическому подходу
в моделировании пространственной структуры белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально ином подходе: декодирование нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК (транскрипт) интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в базе данных EMBL, или хотя бы
код самого белка в базе данных PDB), в самом крайнем случае биологическое название белка. В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка. Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка in silico методами молекулярной динамики с учётом
физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
В моделях 3D-структуры белка возникает необходимость при изучении функционирования метаболических путей, направленного мутагенеза, исследовании генетически-обусловленных патологий развития и способов их фармакокоррекции. Не обойтись без пространственной модели искомого белка при изучении его доккинга с модулирующими лигандами, в том числе и активных центров
биокатализаторов (белковых ферментов и их комплексов с РНК – рибозимов) с субстратами.
Поскольку функцию любого белка определяет, прежде всего, его 3D-структура и только потом аминокислотная последовательность, представляется возможность решать обратную задачу. А именно: моделируя или модифицируя заданную пространственную структуру полипептида в виртуальном пространстве подбирать соответствующую кодирующую нуклеотидную последовательность
для него, т.е. генетически управлять функцией белка на уровне конформеров его структуры.
1. Кушелев А.Ю., Соколик В.В. Пикотехнология – новый подход в моделировании пространственной структуры белка / Заочная Международная
научно-практическая конференция «Современная наука: тенденции развития» (24 января 2012), Краснодар: НИЦ Априори. – 2012. – С.203-207.
2. Соколик В.В. Предсказание пространственной структуры белка insilico на основе информации генома и геометрического алгоритма – альтернатива квантово-механическому подходу // Материалы Международной научной конференции «Математическое и компьютерное
моделирование в биологии и химии. Перспективы развития» (28-30 мая 2012), Казань. – 2012. – С.155-158.
3. Sokolik V.V. Protein is coded in genome and synthesized in ribosomes as a structural template of a rotameric version sequence of peptide bound configuration // The International Moscow Conference on Computational Molecular Biology, МССМВ-11, Moscow. – 2011. – P. 347–348.
4. Sokolik V.V. Algorithm of protein structural template decoding according to its determined nucleotide sequence // Fist International Conference “Fundamental medicine: From scalpel toward Genome, Proteome and Lipidome”, Pax Grid Virtual Conferences, Kazan. – 2011. – P. 117–119.
5. Sokolik V.V. Modeling of the individual structural template of
protein on determining it nucleotide sequences // VII Международная конференция по биоинформатике, регуляции структуры геномов и системной биологии. BGRS\SB-2010, Новосибирск. – 2010. – С. 275.
6. Соколик В.В. Способ моделирования пространственной структуры белка по детерминирующей его нуклеотидной последовательности // Биофизический вестник. – 2010. – Вып. 24 (1). – С. 31-45.
Фундаментальные ошибки рентгеноструктурного анализа
Виктория Соколик: Сравнение пространственных структур для СОД (модели визуализированы по координатным файлам в программе Молекулярный конструктор -- МС)
Некорректное изображение Pro выделено сиреневым цветом. Это помогло мне заметить, что спираль соединена с остальной частью белка как раз через пролин! Понятно, что спираль может поворачиваться на пролине и прижаться к остальной части белка.
Согнув структуру белка на Pro62 мы можем пододвинуть His63 ещё ближе к His46 и His48. His120 тоже пододвинется к ним, если согнуть структуру белка на Pro66 и Pro74.
Таким образом все 4 гистидина окажутся рядом без изменения композиционных углов!
А вероятность такого совпадения будет 1/(3^17*3^57*3^2)=1/3^76=10^-36
Один шанс из 1 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000 000
К сожалению, пока гибкость белка на пролинах ещё не реализована в программе Пикотех, поэтому такие белки можно доделывать пока только вручную. Но эта работа ничтожна по сравнению с основной, которую выполняет компьютер по табличной функции.
Кстати, в программе "Молекулярный конструктор" согнуть белок на пролинах должно быть проще, чем в программе 3DS Max. Попробуем?
Кстати, обнаружился ещё один активный центр, состоящий из трёх аминокислотных остатков, к которым может приближаться и His63. Они выделены красным цветом.
Выполняем пробный заказ, 100 белков от Виктории Соколик!
Теперь "облегченный" скрипт строит не только кольцегранную, но и стержневую модель белка:
И сохраняет правильно промасштабированный pdb-файл ...
Ключ к пониманию механизма транскрипции...
X-Gal - квазинуклеотид?
http://en.wikipedia.org/wiki/Lac_operon
Кушелев: Похоже, что мы имеем дело с квазинуклеозидом "ONPG" и квазинуклеотидом lacZ
Ионный радиус брома чуть больше ионного радиуса хлора:
нм
Cl- ... 0,181
Br- ... 0,196
Кстати, ионный радиус предвнешней оболочки хлора в ~6 раз меньше, чем внешней...
Cl+7 ... 0,027
Подробнее
Отсюда легко можно определить зависимость радиуса электрона от расстояния до ядра с зарядом +7
Интересно разобраться, когда внутренняя электронная оболочка оказывается того же радиуса, что и половина длины ядра. Именно в этом случае она может сделать атом не радиоактивным, когда ион такого атома радиоактивен.
Первая тысяча рубиновых шариков отправлена из Китая в Дмитров!
Скоро мы увидим рубиновые шарики из Китая...
На складе магнетронов...
Один из магнетронов замечательно сохранился. Но есть ли в нём вакуум?
Между катодом (два вывода на стеклянном держателе) и анодом (корпус магнетрона) должно быть напряжение 11-15,0 киловольт
http://www.ostron.de/Radar-GHz/Baueleme … I-88M.html
Ток накала:
2,2-3,5А
Напряжение накала: 6.3 В
Рубиновые церковные лампады с многозаходной резьбой
Имитация рубиновой "вечной лампочки" из красного стекла (церковная лампада)
Золотой Будда и золотая татуировка...
Золотой крем позволяет отражать электромагнитные составляющие лучей трезубцев и важдр, что является частью защиты от лучевого оружия. Однако проводящие участки кожи могут выполнять и другие функции, например, функции источников энергии и двигателей:
Интересно, в каком веке люди стали покрывать кожу позолотой? Может быть уже в незапамятные времена?
Квадратный Инь-Ян
Интересный орнамент на одежде (Мачу Пикчу). Я бы его назвал "квадратный Инь-Ян"
Путь герба
Изображение летающей тарелки с двухуровневым орнаментом источника энергии и П-образным двигателем.
Гербы, как и кресты, прошли длинный путь эволюции. Здесь мы видим один из этапов эволюции герба, когда он был ещё угловатым, как "квадратный Инь-Ян" ...
Пробный заказ для фармацевтической компании
Кушелев: Удалось найти кодирующую нуклеотидную последовательность одной из составляющих ламинина: LAMB3:
FT CDS 1..3513
ATGAGACCATTCTTCCTCTTGTGTTTTGCCCTGCCTGGCCTCCTGCATGCCCAACAAGCC
TGCTCCCGTGGGGCCTGCTATCCACCTGTTGGGGACCTGCTTGTTGGGAGGACCCGGTTT
CTCCGAGCTTCATCTACCTGTGGACTGACCAAGCCTGAGACCTACTGCACCCAGTATGGC
GAGTGGCAGATGAAATGCTGCAAGTGTGACTCCAGGCAGCCTCACAACTACTACAGTCAC
CGAGTAGAGAATGTGGCTTCATCCTCCGGCCCCATGCGCTGGTGGCAGTCCCAGAATGAT
GTGAACCCTGTCTCTCTGCAGCTGGACCTGGACAGGAGATTCCAGCTTCAAGAAGTCATG
ATGGAGTTCCGAGGGCCCATGCCTGCCGGCATGCTGATTGAGCGCTCCTCAGACTTCGGT
AAGACCTGGCGAGTGTACCAGTACCTGGCTGCCGACTGCACCTCCACCTTCCCTCGGGTC
CGCCAGGGTCGGCCTCAGAGCTGGCAGGATGTTCGGTGCCAGTCCCTGCCTCAGAGGCCT
AATGCACGCCTAAATGGGGGGAAGGTCCAACTTAACCTTATGGATTTAGTGTCTGGGATT
CCAGCAACTCAAAGTCAAAAAATTCAAGAGGTGGGGGAGATCACAAACTTGAGAGTCAAT
TTCACCAGGCTGGCCCCTGTGCCCCAAAGGGGCTACCACCCTCCCAGCGCCTACTATGCT
GTGTCCCAGCTCCGTCTGCAGGGGAGCTGCTTCTGTCACGGCCATGCTGATCGCTGCGCA
CCCAAGCCTGGGGCCTCTGCAGGCTCCACCGCTGTGCAGGTCCACGATGTCTGCGTCTGC
CAGCACAACACTGCCGGCCCAAATTGTGAGCGCTGTGCACCCTTCTACAACAACCGGCCC
TGGAGACCGGCGGAGGGCCAGGACGCCCATGAATGCCAAAGGTGCGACTGCAATGGGCAC
TCAGAGACATGTCACTTTGACCCCGCTGTGTTTGCCGCCAGCCAGGGGGCATATGGAGGT
GTGTGTGACAATTGCCGGGACCACACCGAAGGCAAGAACTGTGAGCGGTGTCAGCTGCAC
TATTTCCGGAACCGGCGCCCGGGAGCTTCCATTCAGGAGACCTGCATCTCCTGCGAGTGT
GATCCGGATGGGGCAGTCGCAGGGGCTCCCTGTGACCCAGTGACCGGGCAGTGTGTGTGC
AAGGAGCATGTGCAGGGAGAGCGCTGTGACCTATGCAAGCCGGGCTTCACTGGACTCACC
TACGCCAACCCGCGACGGTGCCACCGCTGTGACTGCAACATCCTGGGGTCCCGGGAGATG
CCGTGTGACGAGGAGAGTGGGCGCTGCCTTTGTCTGCCCAACGTGGTGGGTCCCAAATGT
GACCAGTGTGCTCCCTACCACTGGAAGCTGGCCAGTGGCCAGGGCTGTGAACCGTGTGCC
TGCGACCCGCACAACTCCCTCAGCCCACAGTGCAACCAGTTCACAGGGCAGTGCCCCTGT
CGGGAAGGCTTTGGTGGCCTGATGTGCAGCGCTGCAGCCATCCGCCAGTGTCCAGACCGG
ACCTATGGAGACGTGGCCACAGGATGCCGAGCCTGTGACTGTGATTTCCGGGGAACAGAG
GGCCCGGGCTGCGACAAGGCATCAGGCCGCTGCCTCTGCCGCCCTGGCTTGACCGGGCCC
CGCTGTGACCAGTGCCAGCGAGGCTACTGCAATCGCTACCCGGTGTGCGTGGCCTGCCAC
CCTTGCTTCCAGACCTATGATGCGGACCTCCGGGAGCAGGCCCTGCGCTTTGGTAGACTC
CCGAATGCCACCGCCAGCCTGTGGTCAGGGCCTGGGCTGGAGGACCGTGGCCTGGCCTCC
CGGATCCTAGATGCAAAGAGTAAGATTGAGCAGATCCGAGCAGTTCTCAGCAGCCCCGCA
GTCACAGAGCAGGAGGTGGCTCAGGTGGCCAGTGCCATCCTCTCCCTCAGGCGAACTCTC
CAGGGCCTGCAGCTGGATCTGCCCCTGGAGGAGGAGACGTTGTCCCTTCCGAGAGACCTG
GAGAGTCTTGACAGAAGCTTCAATGGTCTCCTTACTATGTATCAGAGGAAGAGGGAGCAG
TTTGAAAAAATAAGCAGTGCTGATCCTTCAGGAGCCTTCCGGATGCTGAGCACAGCCTAC
GAGCAGTCAGCCCAGGCTGCTCAGCAGGTCTCCGACAGCTCGCGCCTTTTGGACCAGCTC
AGGGACAGCCGGAGAGAGGCAGAGAGGCTGGTGCGGCAGGCGGGAGGAGGAGGAGGCACC
GGCAGCCCCAAGCTTGTGGCCCTGAGGTTGGAGATGTCTTCGTTGCCTGACCTGACACCC
ACCTTCAACAAGCTCTGTGGCAACTCCAGGCAGATGGCTTGCACCCCAATATCATGCCCT
GGTGAGCTATGTCCCCAAGACAATGGCACAGCCTGTGCGTCCCGCTGCAGGGGTGTCCTT
CCCAGGGCCGGTGGGGCCTTCTTGATGGCGGGGCAGGTGGCTGAGCAGCTGCGGGGCTTC
AATGCCCAGCTCCAGCGGACCAGGCAGATGATTAGGGCAGCCGAGGAATCTGCCTCACAG
ATTCAATCCAGTGCCCAGCGCTTGGAGACCCAGGTGAGCGCCAGCCGCTCCCAGATGGAG
GAAGATGTCAGACGCACACGGCTCCTAATCCAGCAGGTCCGGGACTTCCTAACAGACCCC
GACACTGATGCAGCCACTATCCAGGAGGTCAGCGAGGCCGTGCTGGCCCTGTGGCTGCCC
ACAGACTCAGCTACTGTTCTGCAGAAGATGAATGAGATCCAGGCCATTGCAGCCAGGCTC
CCCAACGTGGACTTGGTGCTGTCCCAGACCAAGCAGGACATTGCGCGTGCCCGCCGGTTG
CAGGCTGAGGCTGAGGAAGCCAGGAGCCGAGCCCATGCAGTGGAGGGCCAGGTGGAGGAT
GTGGTTGGGAACCTGCGGCAGGGGACAGTGGCACTGCAGGAAGCTCAGGACACCATGCAA
GGCACCAGCCGGTCCCTTCGGCTTATCCAGGACAGGGTTGCTGAGGTTCAGCAGGTACTG
CGGCCAGCAGAAAAGCTGGTGACAAGCATGACCAAGCAGCTGGGTGACTTCTGGACACGG
ATGGAGGAGCTCCGCCACCAAGCCCGGCAGCAGGGGGCAGAGGCAGTCCAGGCCCAGCAG
CTTGCGGAAGGTGCCAGCGAGCAGGCATTGAGTGCCCAAGAGGGATTTGAGAGAATAAAA
CAAAAGTATGCTGAGTTGAAGGACCGGTTGGGTCAGAGTTCCATGCTGGGTGAGCAGGGT
GCCCGGATCCAGAGTGTGAAGACAGAGGCAGAGGAGCTGTTTGGGGAGACCATGGAGATG
ATGGACAGGATGAAAGACATGGAGTTGGAGCTGCTGCGGGGCAGCCAGGCCATCATGCTG
CGCTCAGCGGACCTGACAGGACTGGAGAAGCGTGTGGAGCAGATCCGTGACCACATCAAT
GGGCGCGTGCTCTACTATGCCACCTGCAAGTGA//
Вторичная 
структура
Трёхмерную модель LAMB3 попробуем построить сначала с помощью скрипта Кушелева:
Скрипт Кушелева работает без форм аминокислот. Только на композиционных углах:
p = #()
angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110)
dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
kk = #()
peptide = box length:1 width:1 height:1 position:[0,0,-.5]
wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide
for k = 1 to *** do(
element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element
attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])
Виктория Соколик: А пошто Вам сдался именно этот белок?
Кушелев: Меня попросила сотрудница одной фармацевтичекой фирмы.
Кушелев: Благодарю за фотки!
Это - типовые мегалитические выпаривательные комплексы. Фрактальные земляные короны, резонансные системы, которые до разрушения имели строго симметричную форму, возможно были облицованы и могли выпаривать мощные истоки рек с целью добычи драгметаллов из родниковой воды.
Глядя на них сегодня можно заметить и характерные признаки пересыхающих истоков. На месте бывшего истока часто растут деревья или кустарники. Это значит, что исток до сих пор ещё не иссяк окончательно.
Золотой генератор из Китая
Кстати, эта резонансная система топологически эквивалентна системе из 4 проводящих шариков.
Добротность такой системы может быть достаточно высокой:
Чтобы изготовить такой супермагнетрон на диапазон микроволновой печи, т.е. приблизительно на частоту 2.45 ГГц, просвет между шариками должен быть криволинейным квадратом со сторонами полволны, т.е. 126/2=63 мм. А диаметр шариков должен быть раза в полтора больше, т.е. где-то по 80...90 мм.
Изображение работающего источника энергии в стиле рококо
Подобные изображения с другой структурой источника энергии мне уже встречались ранее:
Кстати, любопытные "погоны"...
Инопланетянин средней руки...
Обратите внимание на необычную форму пальца на руке бога
У инопланетян бывают такие руки? Инопланетянин "средней руки"?
"Летающая тарелка"-"месяц"
Изображение "летающей тарелки", замаскированной под лицо...
Или поллица?
Музыкальная ваджра?!
Такой формы может быть и волшебная лампа, и волшебный сосуд и волшебная дудочка...
Любопытный музыкальный инструмент. Связь с источником эфирной энергии очевидна...
А на этом музыкальном инструменте явно просматриваются ... ваджры!
|
|