Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ...
Приглашаем на ежедневные интернет-трансляции из лаборатории Наномир!
Возобновлены прямые трансляции! Начинаем в 20.00.
Материал для 4 главы книги "Пикотехнология белков"
Материал для 4 главы книги "Пикотехнология белков"
Кушелев: Программа "Пикотех" создавалась поэтапно. Первой 2D версией была программа dne_str.exe (программист Сергей Марковский), которая просто транслировала кодирующую нуклеотидную последовательность белка в композиционный код, согласно этой таблице композиционного генетического кода:
Результат работы программы перекодировки генетического кода в композиционный в типовом случае одного из 30 альфа-керотинов:
111311411141143143111334141341111114131131111111111141111421141313114111311431311411314111
411141111314114431414131141113111111411411121131111311432113411111334141114111431111141111
(Из научной статьи для журнала Биохимия: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 000509.htm )
Позднее эта функция была включена в программу от Prosolver (подробнее см в 189-ом, 201-ом, 209-ом, 211-ом, 199-ом, 207-ом, 212-ом, 284-ом, которая может сохранять файл с композиционным кодом белка. Этот файл используется в скрипте Кушелева для построения 3D-моделей гигантских белков:
Скрипт Кушелева работает
без форм аминокислот. Только на композиционных углах:
p = #()
angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110)
dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
kk = #()
peptide = box length:1 width:1 height:1 position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide
for k = 1 to *** do(
element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element
attach peptide element; peptide.pivot
= [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])
В скрипте Кушелева каждый аминокислотный остаток изображён упрощённо (многогранником). Верхняя модель, построенная по скрипту Кушелева, не нуждается в формах аминокислот. Нижняя (с прорисовкой отдельных электронов) уже требует форму аминокислот. Она построена с помощью скрипта Савина-Кушелева.
Первая 3D-версия программы "Пикотех" была написана Валентином Якимом в начале 90-х годов. Она строила 3D-модель белка из отрезков. Следующую 3D-версию написал Евгений Неделько. Третья версия программы Евгения Неделько была создана специально для участия лаборатории Наномир в конкурсе CASP3. Лаборатория Наномир числилась под номером 33. Программа Евгения Неделько могла в пакетном режиме обрабатывать неограниченное число исходных файлов DNE, сохранять координаты атомов белков в формате PDB, сохранять файлы вторичной структуры и файлы MIDI для поиска активных центров белка по гармоничным сочетаниям звуков, порождаемых аминокислотными радикалами в процессе синтеза белка рибосомой. Подробное описание алгоритма
и программы Евгения Неделько легли в основу следующей, 3DS Max Script-версии программы Пикотех.
В 2001-ом году было написано техническое задание: http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 011202.htm, а
в 2004-ом году по моему ТЗ был
написан скрипт для 3DS Max-6 Денисом Савиным:
http://www.nanoworld.org.ru/data/200402 … /index.htm
Он изображал аминокислотные остатки кольцегранными. В 2010-ом году благодаря поддержке Виктории Соколик в скрипте Дениса Савина были исправлены
ошибки, настроены композиционные углы, и он, наконец, был окончательно отлажен. Как это происходило, можно проследить по материалам
212-го,
271-го выпуска рассылки "Новости лаборатории Наномир": http://nanoworld88.narod.ru/data/271.htm
Модель аланина ( Ala/A по коду gcc ), построенная с помощью скрипта Савина-Кушелева с зеркальным преобразованием в Фотошопе.
Исходный файл dne:
60FT
FT source
1..3
FT CDS <1..3
XX
SQ Sequence 250 BP; 36 A; 105 C; 78 G; 31 T; 0 other;
gcc
//
Подробнее: http://nanoworld88.narod.ru/data/279.htm
Скрипт Савина-Кушелева строит только третичную структуру белковых молекул. Объединять субъединицы в четвертичную и далее структуры пока приходится вручную.
Вручную создавались модели разных классов неорганических и органических молекул ещё в 1990-ом году.
В 232-ом выпуске рассылки можно ознакомиться со скриптом Кушелева для автоматического построения ДНК/РНК, т.е. с ДНК-конструктором.
Скрипт (ДНК-конструктор) Кушелева может строить как кольцегранные,
В настоящее время с помощью программы "Пикотех" (скрипта Савина-Кушелева) определены структуры сотен белков.
Виктория Соколик: Уважаемые коллеги, Вашему вниманию предоставляется услуга -- моделирование 2D и 3D структуры любого белка без ограничений в его размере и степени изученности с помощью программного обеспечения, базирующемся на принципиально новом подходе декодирования нуклеотидной последовательности, детерминирующей данный белок.
Всё, что необходимо от заказчика, это нуклеотидная последовательность мРНК интересующего его белка (или код этой нуклеотидной последовательности в EMBL, или хотя бы код самого белка в PDB).
В течение 1-3 суток мы готовы предоставить Вам схему вторичной структуры заказанного белка (2D), модель его пространственной структуры (3D) в виртуальном пространстве, а также файл .pdb с координатами каждого атома белка.
Файл .pdb может быть использован по аналогии с файлами закристаллизованных белков из PDB банка для дальнейшего конформационного анализа белка методами молекулярной динамики с учётом физико-химической специфики микроокружения белка или его взаимодействия с лигандами.
Таким образом, Вы сможете максимально быстро удобным для Вас способом (по электронной почте, на сайте либо на электронном носителе) получить информацию о структурном шаблоне Вашего белка.
Цена заказов -- договорная.
Последняя весть с ускорителя в Дубне?
Разномодовый микроволновый источник энергии
Резонаторы разного размера настроены на одну частоту, но разными радиальными колебательными модами "шепчущей галереи". Желтые (ИАГ-Ce) шарики настроены колебательной модой 11HE, а голубые (шпинель) настроены колебательной модой 10HE. Если 3 резонатора из 4, например, сапфировые (прозрачные), а один - гранатовый или шпинелевый, то добротности ячейки вполне достаточно для включения генератора, т.к. суммарная добротность снижается не вдвое, как для ячейки из 4 шпинелевых резонаторов, а только на 12.5%, т.е. с 50 000 до ~44 000. Даже замена двух рубиновых шариков на два гранатовых или шпинелевых снизит добротность не в два раза, а только на 25%, т.е. до ~ 37 000. По моей оценке надёжно будут работать генераторы с добротностью более 30 000.
Собираем супермагнетрон "Ловец снов нано"
Шарики из шпинели можно расположить с точностью до долей мм.
Сборка супермагнетрона "Ловец снов" нано: http://youtu.be/yBS-y6GZKLM
Измеряем параметры супермагнетрона "Ловец снов" нано. Авария: http://youtu.be/PMUnt1CK0Lo
Сцепленные резонансы супермагнетрона "Ловец снов" нано: http://youtu.be/n6GN0bOUo2A
К сожалению, диапазон измерений моей аппаратуры слишком мал. Резонансная частота оказалась за его пределами.
Осталось приобрести измерительную аппаратуру более широкого диапазона, и мы узнаем параметры диэлектрического супермагнетрона "Ловец снов нано"
Полумерный эффект Кушелева
Первый этап эксперимента в Киевском Институте геронтологии показал, что слишком низкая дозировка крови беременных приводит не к увеличению, а к уменьшению продолжительности жизни лабораторных животных. Эту ситуацию можно сравнить с полумерами, которые не улучшают, а ухудшают ситуацию.
На втором этапе лабораторным животным будет вводиться максимальная доза донорской крови от беременных. Если продолжительность жизни увеличится, то это будет означать, что порог "полумерного эффекта" преодолен.
Примеряем девайсы из лаборатории Наномир...
Генератор из 4 сапфировых/шпинелевых шариков встроен в ювелирное украшение, браслет.
"На вкус и цвет товарищей нет", поэтому надо предложить ассортимент изделий...
Браслет/колье может быть изготовлен полностью из рубиновых генераторов...
Серьги, и браслеты,
колье и
кольца...
Может быть и Вы предложите, как расширить ассортимент?
Правильный проект для народного финансирования
Материал с форума лаборатории Наномир:
Simon: Искренне надеюсь что это только черновик (наброски так сказать), ибо не посвященные (кто
не является читателем вашего форума) люди, на мой взгляд не поймут о чем речь, и пройдут мимо. А еще хуже подумают что вы продаете сомнительного качества бижутерию под видом сбора денег на науку.
Система вознаграждения до 9999 р. совсем никак не мотивирует, но зато диапазон от 9999р. и выше учтен, и точно соответствует видению инвестора "Е" :
[21.12.2013 23:07:52] Menager_E:
так мы продаем украшение
[21.12.2013 23:08:07] Menager_E: главная цель богатые дамы.
[21.12.2013 23:16:01] Menager_E: я бы ориентировался на 50 заказов дорогих браслетов, но можно и ориентироваться на количество недорогих
Я конечно не богатая дама, но будь я ею, даже в голову бы не пришло искать украшения на бумстартере.
Я согласен что надо как то мотивировать крупных инвесторов, но сомневаюсь на счет богатых дам.
А вот ориентацию на не очень дорогие, но функциональные брелки (в виде, ячейки из 4 рубиновых шариков для отопления, уголковых двигателей для выработки электричества посредством элекромоторов, и др. не сложные в исполнении мелочи) , я поддерживаю. Эта продукция как раз для вознаграждений от 500 или от 1000р., если оно конечно соответствует схеме
(себестоимость продукции + 100% наценка=вознаграждение).
А браслеты мне Ваши очень понравились, во сколько Вы их оцениваете?
А эти я так понял не функциональны, просто украшения. Лично я в них никакой ценности не вижу,
для проекта, но тоже красивые.
Кушелев: Я с Вами согласен. Я тоже считаю, что нужно предлагать более дешевые и функциональные изделия. Причём лучше всего не один тип, а спектр. Чем шире спектр, тем больше разных соинвесторов могут заинтересоваться проектом.
Кстати, крупные соинвесторы могут выйти на лабораторию Наномир напрямую. Бумстартер больше подходит именно для недорогих изделий, ради которых не хочется заморачиваться и связываться с авторами напрямую.
Другое дело, перевел 40 долл. и получил через несколько месяцев, например, девайс из 4 рубиновых шариков, который либо включен, либо ждёт включения в бижайшем будущем.
Естественно, когда такой девайс оформлен ещё и как ювелирное украшение, браслет, серьга, кольцо или подвеска, то привлекательность возрастает, т.к. до включения его можно носить, как украшение, а после включения использовать функционально.
Кстати, для меня тоже привлекательность возрастает, т.к. разослать по почте ювелирные украшения не представляет проблемы, а после включения пересылка по почте будет проблематичной. Поэтому имеет смысл сразу написать в проекте, что разосланы будут именно украшения до включения, но позднее их можно будет включить. Как именно - это отдельный разговор, но уже сейчас понятно, что включенные источники энергии по почте не переслать.
Если на рубиновом шарике нарезать резьбу, то даже один шарик сможет вырабатывать энергию...
Будут востребованы и дорогие изделия, если на них можно будет ... летать :)
Магнетрон МИ-80 есть не только в Германии...
Автор: Виктор
МУ-4 11шт 79-91год
МУ-5 10шт 80-91год
МУ 5А-1 20шт 83-88год
МУ-10 1шт 91год
МУ-11 8шт 80-91год
МУ 11А-1 9шт 87-88год
М-62 2шт 80год.
М-107 5шт 91год.
М-857 6шт 83год.
М 877-1 2шт 85год.
М-307М 1шт 74год.
МТ-307М 4шт 88год.
МИ-26 1шт 54год.
МИ-29Д 2шт
МИ-29Б-1 3шт 90-91год.
МИ-29Ж 1шт 79год.
МИ-29Е 2шт 73-79-90год.
МИ-29КМ (К) 2шт 2005год.
МИ-88М 1шт 80год.
МИ-99А 1шт 2001год.
МИ-99Н 3шт 90год.
МИ-119 9шт 84-85-87год.
МИ-121 1шт 75год.
МИ-125 21шт 83-91год.
МИ-145-1 2шт 70-88год.
МИ-158-1 1шт 75год.
МИ-176 10шт 81год.
МИ-184 1шт 89год.
МИ-189В 2шт 98год.
МИ-189Г 1шт 72год.
МИ-189Д 1шт 83год.
МИ-192В 1шт 69год.
МИ-207 8шт 81год.
МИ-207А 1шт 87год.
МИ-218Ж 6шт 84год.
МИ-223 2шт 88год.
МИ-234 1шт 74год.
МИ-279А-1 2шт 98год.
МИ-285 А 3шт 87год.
МИ-285 Г 14шт
МИ-296 4шт 91год.
МИ-307Б 9шт 82-90год.
МИ-332 1шт 88год.
МИ-351А 2шт 86год.
МИ-380 1шт 81год.
МИ-514М-1 1шт 75год.
Создано: 2012-02-13 18:20:47
Баран инопланетян
Если на Вашей планете не живут львы с головами баранов, то это может означать, что они живут на других планетах...
Это же относится и к множеству других фантастических (для нашей планеты) существ...
|
|