Subscribe.Ru : Новости лаборатории Наномир

Выпуск 270
 

 Лаборатория Наномир

 

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ...

Пикософт создан!

Кушелев: В лаборатории Наномир создана коммерческая версия пикософта, которая может выдавать клиентам структуры белков в стандарте PDB и в дополнительном стандарте PIKO 3D лаборатории Наномир, т.е. в виде файлов, которые можно открывать в программе 3DS Max.

 

 

 

В качестве примера приведена пикотехнологическая модель инсулина.

Файл в стандарте PDB, OCINSAA.ent :

PFRMAT TS
TARGET T00xx
AUTHOR 4236-1297-6301
REMARK Predictor remarks. See DEMO:
REMARK http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 9/demo.htm
REMARK
REMARK Target sequence (56 acids)
REMARK REVEELQVGQAELGGGPGAGGLQPSALYLALQKRGIVEQCCTSICSLYQLENYCN*
REMARK
METHOD Method description
METHOD The strong correlation dependence of spatial structure
METHOD of the protein from its nucleotide sequence was
METHOD theoretically predicted by physical modelling,
METHOD experimentally  discovered and statistically confirmed.
METHOD In the process of biosynthesis the third nucleotide of
METHOD the codon controls the orientation of the amino acid
METHOD forming the concrete spatial isomer that is the
METHOD conformation of the protein molecule cutting off
METHOD competition ways of the forming of 2D and 3D structures.
METHOD On this base the computer program "Pikotechnology" for
METHOD the prediction of 2D structure of the protins on their
METHOD nucleotide sequence was created.
MODEL 1
PARENT N/A 1
ATOM      1  N   ARG A   1      -13.10   12.29    7.33  1.00  0.50      A
ATOM      2  CA  ARG A   1      -13.52   11.19    6.90  1.00  0.50      A
ATOM      3  C   ARG A   1      -13.50   11.02    5.96  1.00  0.50      A
...
ATOM    405  CG  ASN A  55        2.80    3.62    0.70  1.00  0.50      A
ATOM    406  OD1 ASN A  55        3.59    3.60    0.44  1.00  0.50      A
ATOM    407  ND2 ASN A  55        1.98    4.11    1.21  1.00  0.50      A
TER
END

Так же доступны: вторичная структура в стандарте SS:

PFRMAT SS
TARGET T00xx
AUTHOR 4236-1297-6301
REMARK Predictor remarks. See DEMO:
REMARK http://www.nanoworld.org.ru/data/01/dat … 9/demo.htm
REMARK
METHOD Method description
METHOD The strong correlation dependence of spatial structure
METHOD of the protein from its nucleotide sequence was
METHOD theoretically predicted by physical modelling,
METHOD experimentally  discovered and statistically confirmed.
METHOD In the process of biosynthesis the third nucleotide of
METHOD the codon controls the orientation of the amino acid
METHOD forming the concrete spatial isomer that is the
METHOD conformation of the protein molecule cutting off
METHOD competition ways of the forming of 2D and 3D structures.
METHOD On this base the computer program "Pikotechnology" for
METHOD the prediction of 2D structure of the protins on their
METHOD nucleotide sequence was created.
MODEL 1
PARENT N/A 1
R H  1.00
E H  1.00
V H  1.00
...
* H  1.00
END


и в стандарте PIKO 2D:

http://img-fotki.yandex.ru/get/4528/126580004.3c/0_b0d7a_e5879d03_orig.gif

Композиционный код:

1,1,4,1,1,4,1,4,4,1,4,1,4,1,4,1,1,1,4,1,1,4,1,1,4,4,3,3,4,1,4,1,1,1,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,4,1,1,1,4,1,1,1,1,1

Входными данными для программы PikoSoft являются стандартные файлы из GenBank:

ID   OCINSAA    standard; RNA; MAM; 250 BP.
XX
AC   M61153;
XX
DT   12-APR-1991 (Rel. 28, Created)
DT   15-APR-1994 (Rel. 39, Last updated, Version 2)
XX
DE   Oryctolagus cuniculus insulin mRNA, partial cds.
XX
KW   insulin.
XX
OS   Oryctolagus cuniculus (rabbit)
OC   Eukaryota; Animalia; Metazoa; Chordata; Vertebrata; Mammalia;
OC   Theria; Eutheria; Lagomorpha; Leporidae.
XX
RN   [1]
RP   1-250
RA   Giddings S.J., Carnaghi L., Devaskar S.;
RT   "Nucleotide sequence of a cDNA encoding rabbit preproinsulin";
RL   Unpublished.
XX
CC   NCBI gi: 165444
XX
FH   Key             Location/Qualifiers
FH
FT   source          1..250
FT                   /organism="Oryctolagus cuniculus"
FT   CDS             <1..168
FT                   /note="NCBI gi: 470321"
FT                   /product="insulin"
FT                   /codon_start=1
XX
SQ   Sequence  250 BP;  36 A; 105 C; 78 G; 31 T; 0 other;
     cgcgaggtgg aggagctgca ggtggggcag gcggagctgg gcgggggccc cggcgcgggc
     ggcctgcagc cctcggcgct ttatctggcc ctgcagaagc gcggcatcgt ggagcagtgt
     tgcaccagca tctgctcgct ctaccagctg gagaactact gcaactaggg gtgcccccca
     cccacccctg cccgcgcccc ccacgccccc cgccctcgcc cccacccaat aaacccctcc
     acgcgccccc 
//

Материал с форума лаборатории Наномир: 

Виктория Соколик: В настоящее время мы с Prosolver продолжаем совершенствовать интерфейс программы TSP (с моим алгоритмом smile), поэтому хочу с ней (программой) присоединиться к Вашей акции по продвижению в народ наших интеллектуальных разработок. Это может быть две сходные программы (Кушелева и Соколик) с немного разными в деталях алгоритмами, интерфейсами и возможностями, но базирующиеся на принципиально новом приёме создания моделей белка путём декодирования его структурного шаблона.
Например, такой огромный белок как дистрофин (мутации в гене которого приводят к фатальным миопатиям) изучен в настоящее время только на 14%.

 

В моей программе TSP путём декодирования известной нуклеотидной последовательности (M18533 mRNA. Translation: AAA53189.1.) можно смоделировать структурный шаблон всего белка (3D) с четырьмя структурными доменами (их наличие установлено экспериментально):

   

 

В программе Александра Юрьевича тоже должна получиться интересная модель.
Я предлагаю Вам А.Ю. её смоделировать в Вашей упрощенной версии 1 октаэдр=1аминокислота.
Файл с нуклеотидной последовательностью вот: 
FT   CDS             1..11055
     ATGCTTTGGT GGGAAGAAGT AGAGGACTGT TATGAAAGAG AAGATGTTCA AAAGAAAACA  

 ... 

Кушелев: Упростив аминокислоту до одной точки, наконец, удалось построить модель из 3685 элементов целиком smile

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4428/126580004.3c/0_b0afc_4990948f_L.png

Скрипт: 

-- Nanoworld Laboratory. Alexander Kushelev. Peptide pikotechnology
-- http://nanoworld.narod.ru/
p = #()
angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110)
dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
-- P11532
kk = #( 1,3,1,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,3,3,3,3,1,3,2,1,2,3,1,2,3,2,3,3,3,1,3,4,1,1,3,3,1,1,1,1,3,1,2,1,3,4,1,1,1,2,1,1,1,3,1,4,2
,4,3,3,4,2,3,3,3,2,1,2,3,3,3,1,4,1,3,1,1,1,2,4,4,3,1,1,1,3,3,3,3,3,4,3,3,2,3,3,1,1,2,3,2,3,3,3,4,3,3,3,1,3,1,3,2,1,1
,1,1,1,1,3,3,2,1,3,3,1,1,3,2,1,3,3,1,1,3,3,1,3,1,4,1,1,1,2,3,2,3,3,3,3,2,1,3,3,2,1,1,1,1,1,1,1,3,3,1,4,3,1,3,3,1,1,3
,3,3,1,2,1,2,3,1,1,3,3,4,3,1,1,1,2,1,2,3,2,4,3,3,2,1,1,1,1,3,3,3,3,1,2,1,3,2,1,3,3,3,3,3,3,1,1,3,2,3,1,1,1,1,3,1,1,1
,2,2,1,1,3,3,1,3,3,3,4,1,3,3,1,1,1,3,4,3,1,1,2,1,2,3,3,4,3,3,3,3,3,3,1,3,3,3,3,1,1,3,3,3,1,1,4,1,3,2,2,1,2,3,1,3,3,3
,1,3,1,3,2,1,1,1,3,1,1,2,1,3,3,3,1,1,1,3,1,3,2,4,1,2,3,3,2,1,3,1,3,3,3,3,1,1,2,3,1,3,2,1,1,1,3,3,2,1,4,1,3,3,3,2,3,3
,3,3,2,3,4,1,3,3,3,3,1,1,2,1,3,2,3,2,1,3,3,3,3,4,3,4,4,3,1,1,3,3,3,3,1,4,1,1,1,3,1,2,1,3,1,1,4,3,3,3,3,2,3,1,2,3,1,4
,3,2,2,2,3,3,2,3,3,3,3,3,3,2,3,1,1,1,3,1,2,3,2,3,1,3,1,1,1,2,3,1,1,3,3,3,1,3,3,3,3,3,3,1,3,1,1,3,1,3,4,3,1,1,3,1,1,2
,2,3,2,3,3,3,2,1,3,1,1,3,1,3,3,2,3,3,3,3,1,2,3,1,3,2,3,3,3,1,4,3,3,3,3,2,3,3,3,3,1,1,1,3,3,1,3,1,1,4,4,2,3,3,3,3,3,2
,3,1,2,3,3,3,1,3,3,3,3,1,2,1,2,3,2,1,2,1,1,3,3,1,2,3,1,1,1,3,3,3,3,1,1,3,1,3,1,3,3,3,3,3,3,1,1,3,3,3,2,1,3,2,3,3,3,3
,2,4,1,1,3,1,2,3,1,3,3,3,3,3,3,1,3,2,3,3,3,3,4,1,3,3,3,4,3,2,3,1,3,1,3,1,1,1,3,4,3,2,1,3,3,3,3,3,2,2,4,1,3,1,2,4,1,1
,1,4,3,2,1,4,3,1,3,1,4,3,1,3,3,3,1,3,3,3,3,1,3,2,2,1,3,2,1,3,1,1,1,3,1,2,2,2,2,1,2,3,2,1,3,2,2,3,4,4,1,2,1,3,1,1,4,2
,1,3,3,3,1,3,3,2,2,2,3,1,3,1,1,1,1,3,3,4,3,3,3,3,1,3,1,1,3,3,3,2,3,3,3,1,1,1,3,3,1,2,3,3,4,1,1,3,3,3,3,2,1,3,4,1,3,1
,1,1,2,1,3,3,3,3,1,3,1,2,1,2,3,3,3,1,1,1,3,3,4,3,3,1,1,3,2,3,1,1,4,4,3,1,1,4,3,1,3,3,3,2,3,1,1,3,3,1,2,3,3,4,1,1,4,1
,1,3,1,1,1,1,2,3,1,3,3,1,1,4,1,3,1,1,1,1,1,3,1,3,3,1,2,3,3,1,1,1,1,2,3,3,3,3,1,1,1,3,1,3,1,1,1,2,2,1,2,2,2,3,3,3,1,3
,3,3,3,1,3,3,1,1,4,2,2,3,3,3,3,3,3,3,2,3,3,3,3,1,2,1,4,3,1,3,2,3,2,1,1,1,4,3,2,1,3,4,1,3,2,3,3,3,1,3,1,3,3,3,4,1,1,3
,1,3,1,2,1,2,3,3,1,3,1,2,2,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,1,2,1,1,1,1,2,3,1,3,1,1,2,3,3,3,3,1,1,1,3,3,1,1,1,1,3,1,4,3,1,1,3,3,3
,3,3,4,3,1,3,3,3,1,2,1,3,1,1,1,3,4,3,1,1,4,1,3,4,1,3,3,3,1,4,3,3,3,2,3,3,3,3,3,1,2,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,1,3,3,3,1,2,1
,1,3,1,3,3,1,2,3,3,1,3,1,2,3,1,4,1,3,1,1,3,3,3,3,3,3,4,1,1,3,1,3,1,3,4,3,2,3,3,2,3,1,1,4,3,1,1,3,3,3,1,3,3,3,1,2,3,1
,1,3,2,1,3,1,3,3,3,4,1,1,2,1,3,3,2,1,2,1,3,3,4,3,3,1,2,3,1,3,3,3,1,3,1,1,3,1,1,1,3,1,1,3,1,3,1,1,1,1,1,2,3,1,1,3,3,2
,1,1,1,3,3,2,2,1,1,1,3,1,1,2,3,3,3,3,1,3,3,1,3,3,3,3,3,3,3,2,3,3,3,1,3,2,3,3,1,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,3,3,4,3,4,3,1,3,3
,1,3,2,3,3,1,2,3,3,3,2,3,2,2,3,1,1,3,3,1,3,3,3,3,2,1,1,1,1,1,1,1,1,3,1,4,3,4,3,1,1,3,1,3,3,3,1,2,3,1,3,1,3,1,2,1,1,1
,3,2,1,1,1,2,3,3,2,3,3,3,3,3,1,3,3,1,3,3,1,2,3,1,3,1,3,1,4,2,3,2,3,3,3,1,1,2,3,2,1,3,1,2,3,1,3,1,2,1,2,1,1,2,2,3,1,2
,1,1,3,1,2,1,3,1,3,3,1,2,3,3,3,3,1,1,3,2,3,3,1,3,2,1,1,3,1,1,3,3,1,1,1,1,3,1,1,1,3,3,3,1,3,1,3,1,1,1,1,1,2,1,3,1,1,1
,1,2,3,3,3,2,1,1,4,1,2,3,3,1,3,1,3,1,1,3,1,3,3,3,1,2,3,3,1,1,3,3,3,3,1,1,3,3,3,1,4,1,1,3,1,3,3,1,4,3,1,3,3,3,2,1,3,3
,3,3,3,1,1,1,1,3,2,3,1,1,3,2,1,3,3,1,4,3,2,3,3,3,1,1,3,3,3,3,4,1,1,1,1,3,2,1,3,2,1,3,4,3,1,3,2,2,1,2,1,2,3,3,3,4,1,1
,3,3,3,4,3,3,4,1,3,3,4,3,1,4,2,1,3,2,3,1,3,2,1,3,1,1,4,3,3,1,3,3,3,3,3,3,2,2,3,1,3,1,3,3,3,1,4,2,2,1,2,2,3,3,1,3,1,1
,1,3,1,1,3,1,1,3,1,1,2,1,3,1,3,1,1,2,3,1,4,2,3,2,3,1,3,1,2,1,3,2,2,3,3,2,1,3,3,3,1,3,3,3,3,1,1,2,1,3,3,3,3,1,3,1,3,1
,1,4,1,4,1,3,1,2,1,2,2,1,1,1,3,2,3,1,1,1,1,1,4,1,4,3,3,3,1,3,3,4,3,3,1,1,2,3,1,1,1,2,2,3,1,1,3,3,3,1,1,3,1,1,3,1,1,3
,3,3,1,1,3,4,1,1,1,2,1,1,1,3,1,3,1,2,3,1,3,3,2,1,3,1,3,1,1,3,3,3,1,4,3,1,3,3,1,2,3,4,3,1,2,1,2,1,4,1,3,2,3,1,3,2,2,1
,1,1,2,1,1,3,1,1,1,1,3,3,2,1,1,3,1,2,1,1,1,3,2,3,2,1,3,2,1,3,3,1,3,2,1,1,1,3,3,1,1,3,1,1,1,3,1,2,3,2,3,3,1,3,3,2,4,1
,3,3,3,1,1,4,4,3,4,3,1,3,1,1,3,3,3,1,3,3,1,3,1,3,3,2,3,3,1,1,3,3,2,1,1,3,3,3,3,1,2,3,1,3,1,3,1,3,2,1,2,3,1,1,4,3,1,2
,3,3,3,3,1,1,3,1,1,3,3,3,3,3,1,3,2,3,3,3,3,1,1,3,1,1,1,1,1,3,3,3,1,4,3,1,1,3,1,3,3,3,3,3,1,1,2,3,1,1,3,3,3,1,3,2,1,3
,3,3,4,3,1,1,1,1,3,1,1,4,3,2,4,3,1,3,3,1,1,1,3,1,3,4,1,2,1,2,4,1,2,3,1,1,1,1,1,1,1,1,4,3,3,1,1,3,3,3,1,3,2,3,1,1,3,2
,3,3,1,3,1,3,3,3,4,1,1,4,1,3,3,1,1,3,1,3,3,3,3,4,3,3,3,3,1,3,3,1,3,3,1,2,3,1,2,3,3,4,3,3,3,1,3,3,3,1,1,3,3,1,1,3,3,3
,1,3,1,3,1,1,3,4,1,3,2,3,3,3,2,3,3,1,2,3,4,3,1,3,3,3,1,1,1,2,2,2,1,3,3,2,4,3,4,3,1,4,1,2,1,3,3,1,1,1,3,3,1,3,1,3,3,3
,1,3,1,1,1,1,2,3,4,2,3,1,3,3,3,1,3,1,4,3,3,3,3,3,2,1,2,3,3,1,1,2,2,3,3,3,1,3,1,3,1,2,3,3,3,1,3,1,3,3,3,3,1,3,1,3,3,1
,3,1,1,3,1,3,4,1,4,3,3,3,1,3,2,1,3,2,3,4,3,3,2,3,1,3,1,2,3,2,3,1,3,3,2,1,3,3,1,2,1,4,3,4,4,1,1,1,1,1,3,1,4,2,1,3,3,1
,1,2,3,3,3,1,3,1,1,2,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,3,1,1,1,3,2,3,1,3,3,3,1,2,3,3,3,2,3,1,1,3,2,3,3,1,3,1,3,1,1,3,4,4,3,1,1,1,4
,1,1,2,3,1,3,3,3,3,3,3,2,2,1,4,3,2,3,3,1,2,1,2,3,1,3,3,3,3,3,3,1,1,1,1,2,3,1,1,1,2,1,3,1,3,3,3,3,1,3,3,2,3,3,3,3,3,2
,3,1,3,4,1,3,3,3,1,3,3,1,3,3,1,1,3,3,3,4,4,4,1,3,3,3,3,1,3,1,1,3,3,3,1,3,2,1,3,3,2,2,3,1,3,1,3,3,3,2,2,3,3,3,3,3,4,3
,4,3,1,3,1,3,3,4,1,3,1,1,1,3,3,2,1,3,1,2,4,1,1,1,3,3,3,4,1,3,1,1,1,4,2,1,3,3,3,3,1,4,1,2,1,1,3,1,2,3,3,2,4,1,3,3,2,1
,3,3,3,1,3,3,3,4,4,2,3,3,4,3,3,1,3,3,1,1,1,3,2,3,1,2,3,1,1,1,1,1,2,3,3,4,2,3,1,1,4,3,1,2,3,3,1,1,1,3,3,4,3,3,3,3,2,3
,2,1,1,4,1,4,3,1,3,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,2,2,1,1,3,1,3,1,1,3,1,1,1,3,3,1,3,1,3,1,3,3,1,3,1,1,1,1,3,3,1,3,3,2,1,3,4,3
,2,3,3,3,3,1,3,1,1,3,3,2,3,3,1,3,1,1,4,1,3,1,1,3,3,1,3,1,3,2,2,3,1,4,3,3,1,3,3,3,1,1,1,3,2,1,1,3,1,1,3,1,2,1,1,1,3,1
,3,2,2,3,2,1,3,1,3,1,2,3,1,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,2,3,2,3,4,2,3,1,1,1,4,3,3,1,4,3,3,3,2,3,3,1,3,3,1,1,1,2,2,1,3,1,3,1
,3,1,3,1,3,3,3,1,4,3,1,2,1,3,3,1,3,3,3,3,3,3,4,3,1,1,1,4,1,4,3,1,3,3,1,1,3,2,3,3,3,2,3,1,3,1,2,1,3,3,1,3,1,3,1,1,2,3
,1,1,1,2,2,3,1,4,1,3,3,1,3,1,1,3,3,3,3,3,3,1,2,3,3,3,1,1,4,3,3,1,1,3,3,1,4,3,1,4,3,3,1,3,3,2,1,4,3,3,3,3,1,3,1,1,1,1
,1,1,3,3,3,4,3,1,3,1,1,3,1,1,3,1,3,1,3,3,1,1,1,1,3,4,1,3,3,4,1,3,3,4,4,1,2,1,4,3,3,3,3,3,1,4,1,2,3,3,2,1,1,3,2,2,3,1
,1,1,1,3,2,3,1,1,1,1,1,3,1,3,3,3,3,3,2,1,1,3,3,3,1,3,2,2,2,3,4,2,1,1,3,1,3,2,2,1,3,1,1,1,1,1,3,1,4,3,3,1,1,3,1,1,3,1
,3,4,3,2,2,1,1,3,1,1,1,3,3,1,1,3,3,1,1,4,1,1,3,1,1,1,3,3,2,3,1,1,3,3,3,1,1,3,3,3,1,1,4,3,1,4,1,1,1,4,1,3,3,1,4,1,1,2
,1,1,1,1,4,1,3,1,1,3,1,3,1,3,3,1,1,1,3,1,1,2,3,2,2,3,3,4,3,4,3,1,1,4,1,1,1,3,1,3,3,1,1,3,1,3,1,1,3,1,1,2,4,3,1,1,1,3
,4,3,1,4,1,1,3,1,1,3,4,1,4,1,1,1,1,2,1,1,1,4,3,3,1,1,1,1,3,3,2,2,3,1,1,3,3,1,4,3,1,1,3,1,1,1,3,1,1,4,2,1,3,4,1,1,3,1
,1,1,1,3,3,2,3,1,1,1,3,1,3,1,2,1,1,1,1,3,3,3,1,4,3,3,1,3,1,2,3,3,1,3,1,1,3,1,2,3,4,1,1,1,3,1,1,3,1,1,1,4,2,3,2,3,3,1
,1,1,1,1,1,1,1,3,3,1,1,1,1,3,1,4,1,3,3,3,3,1,1,3,3,3,1,1,4,1,3,1,1,1,3,1,1,1,1,3,1,1,4,3,1,3,4,1,1,4,4,3,3,3,3,4,2,2
,2,4,1,1,3,1,4,3,3,3,3,1,1,3,1,4,3,3,2,3,1,3,1,1,1,3,1,3,1,1,3,4,2,3,2,2,2,3,3,1,1,1,1,4,1,1,3,4,3,3,3,1,3,3,2,3,1,1
,3,3,3,2,1,3,4,1,3,1,3,1,2,3,1,4,1,1,1,3,3,3,3,3,1,2,1,1,3,4,1,1,1,2,1,1,1,3,4,3,1,1,1,1,4,1,4,1,1,4,1,3,4,3,3,2,3,3
,1,1,3,1,1,3,3,1,1,1,3,1,3,2,1,3,2,1,1,1,1,3,2,1,1,3,3,3,1,1,1,3,1,1,3,3,3,3,2,3,2,3,1,3,3,1,1,3,1,1,4,3,3,1,3,4,3,2
,2,2,3,3,3,2,1,3,1,1,2,2,3,1,3,3,2,1,3,1,3,3,4,1,3,1,2,1,1,1,4,2,4,1,3,1,3,1,4,1,1,1,3,3,1,3,3,4,1,1,1,1,2,2,3,3,4,3
,1,4,1,3,1,3,2,1,3,3,3,3,2,1,3,3,3,3,3,1,1,2,2,3,1,3,1,1,3,2,3,3,2,3,3,1,1,3,3,3,1,1,2,3,3,3,3,1,3,1,1,3,1,1,3,3,1,1
,1,1,1,1,4,1,1,3,3,3,3,1,1,1,1,3,1,3,1,3,1,3,3,4,1,2,1,3,1,2,2,3,3,1,3,3,1,1,3,4,3,2,3,3,1,3,2,1,1,1,1,3,3,3,1,4,1,2
,4,4,1,3,3,3,1,1,1,1,3,1,1,3,1,4,3,3,1,1,3,3,1,1,1,2,4,3,3,1,3,1,1,4,3,1,1,1,3,1,4,3,1,1,3,3,1,4,1,2,1,3,1,1,2,1,1,4
,4,1,3,1,1,2,1,1,3,4,3,1,2,4,4,1,3,3,3,1,3,2,1,1,1,1,1,3,1,3,1,4,1,2,4,3,1,3,3,3,4,1,1,1,3,1,3,3,3,1,3,3,1,1,1,2,1,2
,4,3,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,3,3,2,3,2,3,3,1,3,2,1,2,1,3,1,1,2,1)
peptide = mesh vertices: #([0,0,0]) \
faces: #() \
wirecolor: [255,255,255]
element0 = copy peptide
for k = 1 to 3685 do(
element =  copy element0
attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])

   http://img-fotki.yandex.ru/get/4528/126580004.3c/0_b0afd_5905ee1c_L.gif
 Обсудить на форуме.

Проверяем пикотехнологию на форуме Molbiol.ru 

Flyamer,05.01.2012 23:40 пишет:

А может автор построить структуру коннексина-26 (Cx26)? И его сборки в коннексон.

Кушелев: Для этого нужна нуклеотидная кодирующая последовательность этого белка. Либо в стандарте Генбанка, т.е. файл с расширением dne, либо в стандарте fasta. Если дадите ссылку или сам файл, то я попробую с помощью этого скрипта: http://nanoworld.narod.ru/EMBLReader023L_20101113.txt

получить третичную структуру белка. Что касается сборки, то не гарантирую, но попытаюсь.   

Для скрипта достаточно этих строк:

     CDS 145..825
     ccgactcgga gcccctcggc ggcgcccggc ccaggacccg cctaggagcg caggagcccc
     agcgcagaga ccccaacgcc gagacccccg ccccggcccc gccgcgcttc ctcccgacgc
     agagcaaacc gcccagagta gaagatggat tggggcacgc tgcagacgat cctggggggt
     gtgaacaaac actccaccag cattggaaag atctggctca ccatcctctt catttttcgc
     attatgatcc tcgttgtggc tgcaaaggag gtgtggggag atgagcaggc cgactttgtc
     tgcaacaccc tgcagccagg ctgcaagaac gtgtgctacg atcactactt ccccatctcc
     cacatccggc tatgggccct gcagctgatc ttcgtgtcca cgccagcgct cctagtggcc
     atgcacgtgg cctaccggag acatgagaag aagaggaagt tcatcaaggg ggagataaag
     agtggattta aggacatcga ggagatcaaa acccagaagg tccgcatcga aggctccctg
     tggtggacct acacaagcag catcttcttc cgggtcatct tcgaagccgc cttcatgtac
     gtcttctatg tcatgtacga cggcttctcc atgcagcggc tggtgaagtg caacgcctgg
     ccttgtccca acactgtgga ctgctttgtg tcccggccca cggagaagac tgtcttcaca
     gtgttcatga ttgcagtgtc tggaatttgc atcctgctga atgtcactga attgtgttat
     ttgctaatta gatattgttc tgggaagtca aaaaagccag tttaacgcat tgcccagttg
     ttagattaag aaatagacag catgagaggg atgaggcaac ccgtgctcag ctgtcaaggc
     tcagtcgcta gcatttccca acacaaagat tctgacctta aatgcaacca tttgaaaccc
     ctgtaggcct caggtgaaac tccagatgcc acaatggagc tctgctcccc taaagcctca
     aaacaaaggc ctaattctat gcctgtctta attttctttc acttaagtta gttccactga
     gaccccaggc tgttaggggt tattggtgta aggtactttc atattttaaa cagaggatat
     cggcatttgt ttctttctct gaggacaaga gaaaaaagcc aggttccaca gaggacacag
     agaaggtttg ggtgtcctcc tggggttctt tttgccaact ttccccacgt taaaggtgaa
     cattggttct ttcatttgct ttggaagttt taatctctaa cagtggacaa agttaccagt
     gccttaaact ctgttacact ttttggaagt gaaaactttg tagtatgata ggttattttg
     atgtaaagat gttctggata ccattatatg ttccccctgt ttcagaggct cagattgtaa
     tatgtaaatg gtatgtcatt cgctactatg atttaatttg aaatatggtc ttttggttat
     gaatactttg cagcacagct gagaggctgt ctgttgtatt cattgtggtc atagcaccta
     acaacattgt agcctcaatc gagtgagaca gactagaagt tcctagtgat ggcttatgat
     agcaaatggc ctcatgtcaa atatttagat gtaattttgt gtaagaaata cagactggat
     gtaccaccaa ctactacctg taatgacagg cctgtccaac acatctccct tttccatgac
     tgtggtagcc agcatcggaa agaacgctga tttaaagagg tcgcttggga attttattga
     cacagtacca tttaatgggg aggacaaaat ggggcagggg agggagaagt ttctgtcgtt
     aaaaacagat ttggaaagac tggactctaa attctgttga ttaaagatga gctttgtcta
     cttcaaaagt taaaaaaaaa aaaaaaaaaa aaaaaaaaa

// 

Композиционный код, полученный по программе Prosolver:

1,3,1,1,4,4,1,4,1,4,4,3,4,1,3,1,1,1,1,3,2,1,1,1,1,1,1,1,1,3
,3,1,3,1,1,1,3,4,3,2,1,1,4,1,2,3,1,1,1,1,3,1,1,1,1,4,1,2,1,1
,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,4,2,1,1,4,1,4,1,1,4,1,4,2,4,1,2
,4,1,1,1,4,1,1,4,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,2,1,3,2,3,1,1,1,1,1
,1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,4,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,4,1,1,1,3,1,1,1
,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,4,4,1,1,1,1,1,3,3,1,1,3,4,1,1
,3,4,1,4,1,4,1,1,3,1,1,2,4,1,1,3,2,4,3,2,3,1,1,4,4,3,1,3,3,1
,3,3,1,2,3,3,3,3,3,4,1,2,3,1,2,3

Белок состоит из 226 аминокислотных остатков.   

Скрипт для построения третичной структуры белка Cx26:

-- Nanoworld Laboratory. Alexander Kushelev. Peptide pikotechnology
-- http://nanoworld.narod.ru/
p = #()
angx = #(-24,180,60,-45,-45); angy = #(-10.89167,83,0,15,15); angz = #(92,120,60,110,110)
dx = #(2,1.5,1.6,2,2); dy = #(0.6,1,0.8,1,0.6); dz = #(-0.45,0,-0.6,-0.15,-0.45)
-- Cx26
kk = #(1,3,1,1,4,4,1,4,1,4,4,3,4,1,3,1,1,1,1,3,2,1,1,1,1,1,1,1,1,3
,3,1,3,1,1,1,3,4,3,2,1,1,4,1,2,3,1,1,1,1,3,1,1,1,1,4,1,2,1,1
,1,1,4,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,4,2,1,1,4,1,4,1,1,4,1,4,2,4,1,2
,4,1,1,1,4,1,1,4,3,3,1,1,1,1,1,1,1,1,4,1,2,1,3,2,3,1,1,1,1,1
,1,3,1,1,1,1,1,1,3,1,1,4,1,1,1,1,2,1,1,1,1,1,4,1,1,1,3,1,1,1
,1,1,1,1,3,1,1,1,1,1,1,1,1,1,4,4,4,1,1,1,1,1,3,3,1,1,3,4,1,1
,3,4,1,4,1,4,1,1,3,1,1,2,4,1,1,3,2,4,3,2,3,1,1,4,4,3,1,3,3,1
,3,3,1,2,3,3,3,3,3,4,1,2,3,1,2,3)
peptide = box length:1 width:1 height:1  position:[0,0,-.5] wirecolor:[250,250,250]; Converttomesh peptide
for k = 1 to 226 do(
element = Hedra family:1 scalep:100 scaleq:100 scaler:100 radius:1 pos:[0,0,0] p:0.4; Converttomesh element
attach peptide element; peptide.pivot = [0,0,0]; move peptide [dx[kk[k]],dy[kk[k]],dz[kk[k]]]
rotate peptide angx[kk[k]] [1,0,0]; rotate peptide angy[kk[k]] [0,1,0]; rotate peptide angz[kk[k]] [0,0,1])

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4427/126580004.3c/0_b0b12_571c27ed_S.gif

 

Третичная структура коннексина-26. В упрощённой пикотехнологической модели каждый аминокислотный остаток изображён одним 14-гранником. 

Flyamer,06.01.2012 13:32 пишет:

А его сборку в коннексон получится? Гексамер, грубо говоря.
И можно ли посмотреть не в виде многогранников, а в виде, например, спиралек и/или слоев?

 http://img-fotki.yandex.ru/get/4427/126580004.3c/0_b0b13_fa200185_S.gif

Кушелев:  советую распечатывать субъединицы на 3D-принтере и пытаться составить из них четвертичную структуру. Конечно, можно попытаться сложить субъединицы в 3DS Max, как это удалось в случае спирали коллагена и слоя микротрубочки, образованной 13-ю субъединицами, состоящими из A,B и гамма-тубулина. Но в виртуальном пространстве сконструировать четвертичную структуру сложнее, чем из 3D-распечаток.

 http://img-fotki.yandex.ru/get/4427/126580004.3c/0_b0d7f_7037b83e_L.jpg

Flyamer,06.01.2012 15:31 пишет:

Так, по-моему, тут есть некоторая подмена понятий... Одно дело - определение вторичной структуры, которая, по Вашим словам, тут практически совпала (витки спиралей там...), и совсем другое - третичная, которая как раз нас и интересует. Со вторичной, насколько я знаю, проблем немного, ее умеют предсказывать в целом хорошо. А вот как раз с третичной - взаиморасположением разных частей, все крайне сложно. А как раз общая форма структур совпадает, по-моему, так себе (или надо нарисовать моделируемую структуру по-другому, чтобы стало видно сходство, может быть я чего-то не понимаю).

Кушелев:  

 http://img-fotki.yandex.ru/get/4529/126580004.3c/0_b0d80_92145fef_orig.gif

   Пикотехнологическая модель коннексона (в открытом и в закрытом состоянии)

 Flyamer пишет:

А размеры Вы можете привести? Например, у дырки какие? И, например, у всего коннексона в поперечине?

Кушелев: Давайте вместе посчитаем. Шаг альфа-спирали известен  - 0,54 нм

Считаем число витков, и умножаем на 0.54 нм smile

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4429/126580004.3c/0_b0d8c_dc680592_orig.gif
Если я не ошибся, то внизу получилась масштабная линейка с шагом 0.54 нм. Считаем габаритный размер и размер отверстия. Габаритный размер 0.54*22=~12нм. Это грубая оценка. Если нужно, то можно вывести точный мастшаб в 3DS Max smile Диаметр отверстия 0.54*(6...7)=~3...4 нм

 

 http://img-fotki.yandex.ru/get/4428/126580004.3c/0_b0d8d_f14610e5_L.gif

 В этом ракурсе видно, что соседние коннексины должны входить в зацепление и двигаться до внешнего изгиба альфа-спирали соседнего коннексина. Четвертичную структуру удобнее собирать из 3D-распечаток субъединиц. В виртуальном пространстве сборку четвертичной структуры делать значительно сложнее. Хотя, если есть суперкомпьютер, специальные программы, шлем, перчатки, то может быть удобнее будет именно в виртуальном пространстве...

Flyamer,07.01.2012 17:03:

И вообще, я бы сказал, что общий вид коннексона, полученного с помощью Вашей модели, совершенно не похож на реальный.

http://img-fotki.yandex.ru/get/4427/126580004.3c/0_b0d8f_726a66c3_orig.png 

 

Кушелев:  Все так считают? smile

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4427/126580004.3c/0_b0d8e_299a6426_L.gif

В случае зацепления коннексинов размер отверстия коннексона получается 1.5-2 нм, но нужно учитывать, что в этой модели не показаны радикалы аминокислотных остатков. А радикалы могут уменьшить диаметр отверстия на 0.5...1 нм. Так что имеет смысл построить менее упрощённую пикотехнологическую модель четвертичной структуры коннексона.

 Flyamer,07.01.2012 17:38 пишет:

автор подгоняет результаты работы программы под реальность, все неточности "сбрасывает" на точность РСА. С этим работать невозможно. 

Кушелев: Программа Пикотех не делает четвертичную структуру. Я же Вам объяснил, что четвертичную структуру приходится собирать вручную. При этом делать это в виртуальном пространстве 3DS Max без виртуальных перчаток, стереошлема и специальной программы очень неудобно. Поэтому с первого раза угадать четвертичную структуру коннексона не удалось. Да и со второго раза тоже, т.к. альфа-спирали налезают друг на друга. Похоже, что субъединицы должны быть несколько повёрнуты по другим осям.

Кстати, я не понял, что означает размер Entrance diameter 35A ? Это размер отверстия при максимальном увеличении диафрагмы-коннексона?

Тогда получается, что отверстие не может уменьшиться до нуля, как я пытаюсь изобразить в анимации? Тогда понятно, почему альфа-спирали налезают друг на друга. Они просто не могут до такой степени сблизиться, чтобы отверстие уменьшилось до нуля.

А с выводами Вы зря торопитесь. Модель ещё не доделана. Есть только пикотехнологическая модель третичной структуры, которая построена автоматически. 

Flyamer,08.01.2012 13:01 пишет:

Откуда у меня возьмется 3D принтер, чтобы это сделать?

Кушелев: У меня тоже нет 3D-принтера, но я заказываю 3D-модели в специализированных мастерских. Это не очень дорого. Десяток субъединиц можно распечатать за 1000 рублей. Если интересно, то могу дать координаты мастерских 3D-печати. 

Flyamer,08.01.2012 13:01 пишет:

"Реальная точность РСА лежит в интервале от 5 до 500 ангстрем smile.gif"

Откуда информация? Если в статье написано, что разрешение 3,5 ангстрема то что, они врут что ли? 

Кушелев: Они не врут. Просто в статье может быть указана рекордная точность для данной структуры, т.е. авторы спогли, например, определить расстояние между осями симметрии двух альфа-спиральных участков с точностью 1 анстрем. Вполне реально. Но длину этих же участков спирали они определили с точностью до витка, т.е. уже 5.4А, хвост белка РСА вообще не видит, а он может состоять из 30 аминокислотных остатков, т.е. кусок белка длиной ~100 ангстрем вообще не фиксируется методом РСА. Какой смысл повторять этот факт в каждой научной статье? Но у некоторых читателей создаётся иллюзия, что точность РСА одинакова для всех частей молекулы белка. Так и рождаются мифы о невероятной точности РСА smile 

Flyamer,08.01.2012 13:01 пишет:

Пока 97% белков не кристаллизуются. И, возможно, появится другой метод, не требующий кристаллизации, со сходным разрешением. 

Кушелев: Этот метод (даже более точный) уже появился в 1992-ом году. Называется пикотехнология. Это не просто моделирование. Это - система модельных экспериментов. Именно из модельных экспериментов определяется форма молекулы белка, ведь программа Пикотех, складывает модель белка из моделей аминокислотных остатков, форма которых определена в модельном эксперименте...

Так что сравнение данных РСА и данных программы Пикотех в действительности является сравнением результатов разных экспериментов. При этом модели совпадают с точностью РСА, как менее точного из двух методов. 

 Подробности и обсуждение.

 Мегалитические кольца Гамбии.

 

http://www.uadream.com/upload/iblock/a56/a5631d605e1dfcdb11c499ed7b452933.jpg
Мегалитические кольца Гамбии. Данное кольцо состоит из 14 одинаковых элементов. Эта резонансная система расчитана на колебательную моду 7HE. Уровень грунта внутри кольца явно превышает уровень грунта за пределами кольца, т.е. перед нами - насыпной холм-"шестерёнка" smile

Цитата: Каждое кольцо состоит из 10-24 столбиков из латерита высотой 100—250 см. В общей сложности известно не менее 1000 таких каменных колец, им посвящён особый музей.
Хотя предназначение данных объектов вызывает споры, ЮНЕСКО посчитало возможным отнести их к памятникам Всемирного наследия (2006).

 

Координаты мегалитического комплекса в Синегамбии: 13.69,-15.522

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4427/126580004.3b/0_b0a84_b3d5b2e7_L.jpg

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4429/126580004.3c/0_b0a85_88a07d95_L.jpg
Более светлое пятно диаметром более 2 км отчётливо просматривается уже в этом масштабе. Вероятно, в этой зоне снят грунт на площади около 4 квадратных км.

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4429/126580004.3c/0_b0a86_c4c1f949_L.jpg

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4529/126580004.3c/0_b0a87_42c09cc6_L.jpg

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4428/126580004.3c/0_b0a88_c8d9e5f8_L.jpg

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4427/126580004.3c/0_b0a89_ffb838a9_L.jpg

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4429/126580004.3b/0_b0a80_a84a1d4_L.jpg

Здесь видно, что пересохшее русло реки подчищено, причём граница подчистки - ломаная линия...

 

 Обсуждение.
Дифракционные спиральные диэлектрические резонаторы

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4429/126580004.3b/0_b0979_3b915f1_orig

Здесь уже видны разные признаки резонансной системы... 

 

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4428/126580004.3b/0_b097a_a51c7dd9_L.jpg

 

  Односпиральный дифракционный генератор?
 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4427/126580004.3b/0_b097b_e6cc6be8_orig

Каменная спираль на склоне...

 

Это в зоне Аркаима. Там три горы с каменными спиралями!
 

http://vymo.ru/arqaim/info:what

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4429/126580004.3b/0_b098a_6304ba82_L

Каменные спирали могут быть крупными (десятки метров в диаметре) 

 

 

 

 http://img-fotki.yandex.ru/get/4429/126580004.3b/0_b098d_4ec74f28_L
Роллрайтский каменный круг
http://www.pcmag.ru/club/user/3902/blog … entId=4013

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4429/126580004.3b/0_b098b_94571029_orig

Интересный диэлектрический генератор "трикветра"

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4529/126580004.3b/0_b098c_26c1f992_orig

Что бы это значило?

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4427/126580004.3b/0_b0a7d_2fda3d5a_L.jpg

 

Каменная спираль на плато Наска. Диаметр около 50 метров. Судя по точности изготовления это вполне мог быть рабочий источник энергии выпаривательного комплекса...

 Обсуждение.
Знак массой 100 000 тонн!

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4529/126580004.3b/0_b0a72_60c0c850_orig.jpg

Координаты: 51.6507,-3.256

Любопытный конь-рельеф длиной более 100 метров. Интересно, сколько он весит и когда появился? В инете практически нет никакой информации об этом...

http://www.hengoed.net/images/welshdragon2.jpg

 Кто поможет разобраться?

 Обсуждение.

 Пришельцы использовали искусственные тела?!

http://artyx.ru/books/item/f00/s00/z0000013/pic/000272.jpg  

 Обсуждение.

 "Крепость" Святой Анны ... выпаривала исток Азовского моря!

Добрый вечер! Спасибо за регистрацию.По поводу существующих так называемых "фортификационных сооружений" еще около ст.Старочеркаская http://www.donnica.ru/publ/kreposti_don … y/19-1-0-5 , ну и известный Азовский вал вместе с планом крепости http://www.temernik.ru/gallery/displayimage.php?album=1385&pos=211 плюс Тамань http://taman-azov-more.ru/index.php/dos … epost.html.
Для чего такое разнообразие форм?  Известны формы от треугольной до 12-ти -лепестковой. Может они работали во взаимодействии?
С уважением

Кушелев: Интересно. Нужно изучить...

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4528/126580004.3c/0_b0de1_af531319_orig.jpg

Ого! Какая удача...

 

 

http://img-fotki.yandex.ru/get/4529/126580004.3c/0_b0de2_5ece255_orig.jpg

Координаты: 47.253,40.0887

 

Не нужно быть Шерлоком Холмсом, чтобы понять, что земляной вал построен не по этому кривенькому плану:

http://img-fotki.yandex.ru/get/4528/126580004.3c/0_b0de4_1a4ac6e3_orig.jpg

и не по этому:

http://img-fotki.yandex.ru/get/4427/126580004.3c/0_b0de3_bb900ce9_orig.jpg

Люди вообще не насыпали земляной вал, а только реставрировали...

http://img-fotki.yandex.ru/get/4428/126580004.3c/0_b0de5_c44b101d_orig.jpg

"Крепость" Святой Анны ... выпаривала исток Азовского моря smile

 Обсуждение.

 

 Приглашение к сотрудничеству

для людей умеющих самостоятельно мыслить; не просто умных, а мудрых, которые чувствуют, где истина

Лаборатория Наномир готова к любому взаимовыгодному сотрудничеству. У нас есть  сторонники как явные, которые помогают морально и материально, есть очень много пассивных наблюдателей, есть и ярые противники, которые используют любые методы и средства (аморальные и просто преступные), чтобы уничтожить работу лаборатории и дискредитировать ее.

В одиночку внедрить технологии, выводящие цивилизацию на новый уровень,  невозможно. Благодаря поддержке множества заинтересованных людей проделана огромная работа. Ознакомиться с её результатами можно изучив материал рассылки "Новости лаборатории Наномир". Люди науки могут изучить научные труды.

Вклад каждого не останется незамеченным  в случае успеха в реализации научных проектов. Результаты совместной деятельности принадлежат участникам проекта пропорционально коэффициентам творческого и финансового участия.

В этом году были куплены рубиновые шарики для эксперимента на сумму ~1000 долл. В результате было сделано научное открытие, проверена защита диэлектрических резонаторов от перенапряжения. В этом же году, вероятно, можно будет создать микроволновую энергетику, т.к. удалось найти сырьё (рубин #8), из которого сделаны рубиновые шарики для эксперимента в Дубне.

28 сентября начался эксперимент по созданию "эликсира вечной молодости". Благодаря первому взносу (в размере 500 долларов) Золдракса и поддержке других соинвесторов. Продолжаются переговоры с потенциальными инвесторами по поводу финансирования этого проекта.

Созданы первые версии пикотехнологии, с помощью которой Александр Кушелев и Виктория Соколик сделали более10 научных открытий.

Сотрудничество может быть различным:

- участие в научных дискуссиях на форуме (конструктивное)

- совместное создание коммерческого продукта

- поиск инвесторов

- выступить менеджером по продаже готовых коммерческих продуктов

- конструктивные предложения по продвижению идей лаборатории Наномир

- содействие в проведении экспериментов и т.п.

- написание совместных научных статей и т.п.

- материальный вклад (денежный или обеспечение оборудованием и материалами)


Пожалуйста, сообщайте о своем вкладе, чтобы мы зачли Вас как партнера лаборатории Наномир.

            +7-926-5101703      ,             +7-903-2003424      ,             +7-916-8265031      , Skype: Kushelev2009, mail: kushelev2011@yandex.ru

веб-мани: WM-кошелек R426964799301