Электрон так же велик, как атом... (science.news.nanoworldnews) :

Когда реальность открывает тайны,
уходят в тень и меркнут чудеса ...

Обсуждение на форуме лаборатории Наномир:

Об открытии кольцегранного микромира см. здесь.

Что касается электронных облаков, то речь идёт не об электронах, а об областях вероятного нахождения точечных (безразмерных, бесструктурных) электронов

Подставляем туда код фрагмента лизоцима, раз Вам хочется начать именно с него.

Для этого жмём кнопку "Edit source" и подставляем кодирующую нуклеотидную последовательность в стандарте EMBL

FT CDS 40..435
XX
SQ Sequence 509 BP; 130 A; 100 C; 134 G; 145 T; 0 other;
gaattcaaat aatttgttta actttaagga gatctacata tgaaggtttt cgaaagatgt
gagctcgcta gaaccttgaa gagattgggt atggacgggt accgtggtat ctctttggct
aactggatgt gtttggctaa gtgggaatct ggttacaaca ctcgagctac caactacaac
gctggtgaca ggtcgaccga ctacggtatc ttccaaatta attctagata ctggtgtaac
gacggtaaga ccccaggcgc cgttaacgct tgtcacttgt cttgttctgc tttgctgcag
gacaacatcg ctgacgctgt tgcttgtgct aaacgcgttg ttagagaccc acaaggtatc
agagcttggg ttgcttggag aaatcgatgt caaaacagag acgtcagaca atacgttcaa
ggttgtggtg tttagtaagg atcctctaga ataacccctt ggggcctcta aacgggtctt
gaggggtttt tgctccatgg aggaagctt
//

Проверяем работу программы Пикотех в режиме 3D-моделирования на примере фрагмента лизоцима:

Очевидно, что цикл из 22 аминокислотных остатков замкнулся через дисульфидный мостик.

3D-модуль программы Пикотех тоже работает правильно.

Напоминаю, что вероятность случайного замыкания дисульфидного мостика составляет 1/3^22, т.е. ~1/30 000 000 000

Aй: неплохо бы привести сами результаты в псевдографике

Кушелев: В моей научной статье всевдографика заменена графикой:

http://www.nanoworld.org.ru/data/01/data/texts.rus/9950922/pseudo0.jpg

А расшифровка графических элементов дана в текстовом формате:

– single alpha-code
– 3/10 alpha-helix
– 4/10 alpha-helix
– single beta-code
– single beta-2-code

Правда, не любой браузер может сегодня показать кодировку DOS, поэтому в том же файле вставлена графика для тех, кто не может увидеть кодировку DOS

А здесь я привёл кодировку символов псевдографики для программы Сергея Марковского.

Алгоритм формирования псевдографики:
Вар символ
VAR(I) = 1 (5 символов с кодом 219),
если (VAR(I-1)=1, VAR(I-2)=1, VAR(I-3)=1).
VAR(I) = 1 (5 символов с кодом 179),
в противном случае.
VAR(I) = 4 (3 символа с кодом 219),
если (VAR(I-1) = 1 и VAR(I-2) = 1).
VAR(I) = 4 (5 символов с кодом 179)
в противном случае.
VAR(I) = 3 ///// (5 символов деления).
VAR(I) = 2 \\\\\ (5 символов "флэш").
VAR(I) = любое, но OST="TKD", то псевдографика - пустая строка.

Кушелев: Коды альфа- и 3/10-спиралей соответствуют тРНК с разными вариабельными петлями. В результате получаются разные углы и если в альфа-спирали виток замыкается только на 4-ом остатке, то более острый угол 3/10-спирали замыкает виток уже на 3-ем остатке. При этом характерные вторичные структуры показывают в одних учасктах белка протяжённые альфа-спирали, а в других - протяжённые 3/10-спирали и смешанные, т.е. с переходами альфа-спирали в 3/10-спираль и обратно. Случайностью кодов это не объяснить, т.к. вероятность случайного повторения десятка кодов альфа-спирали "ноль целых, ноль десятых"

Victoria: Не могу согласиться с Вашей интерпретацией насчёт вариабельности петель тРНК, пока Вы не приведёте доказательства в виде белков с альфа-спиралями, которые кодируются триплетами с С в третьем положении и белками с 3/10 спиральными мотивами, заданными последовательностью кодонов с G на конце.

Кушелев: Обратите внимание на участки 1-26 и 41-55 инсулина:

Вы видите, что на участке 1-26 идёт частая смена альфа- на 3/10- кодов, а на участке 41-55 мы видим больше кодов альфа-спирали, чем 3/10?

Нетрудно догадаться, что эти участки имеют разную форму. Согласны? Первый участок имеет много изломов, а второй мало, т.е. второй участок более прямой. Кстати, это можно проверить с помощью РСА

Давайте посмотрим современные данные о структуре инсулина.

В этой версии программы Пикотех углы 3/10-спирали не настроены, т.е. они заданы такими же, как углы альфа-спирали, поэтому эта версия программы Пикотех не показывает изгибы спиралей инсулина. Но если углы 3/10-спирали настроить, то мы увидим, что спирали инсулина изогнуты, причём участок 1-26 изогнут сильно, а участок 41-55 слабо.

Кстати, в этой версии программы Пикотех углы альфа-спирали тоже настроены неважно. Нужно 3.6 остатка на виток, а мы видим почти 4 остатка на виток. Геометрическая точность всего 10% на виток.

Victoria: последовательность конфигураций пептидных связей в спирали (то что закодировано третьим нуклеотидом кодонов) определяет только направление закручивания: правая или левая спираль, а разнообразие спиралей определяется свойствами боковых цепей аминокислотных остатков, формирующих виток спирали.

Кушелев: Я тоже сначала думал, что варианты композиций закодированы третьим нуклеотидом кодона, но при составлении таблицы обнаружил, что первые два нуклеотида тоже участвуют в кодировании варианта композиции. Так что более точная формулировка: Композиция аминокислотных остатков (ориентация последнего остатка относительно предыдущего) закодирована триплетом. А дальше можно обсуждать различие таблиц. На примере лизоцима и инсулина особой разницы между таблицей Виктории Соколик и Александра Кушелева незаметно.

Victoria: разнообразие спиралей определяется свойствами боковых цепей аминокислотных остатков, формирующих виток спирали.

Кушелев: Но в первую очередь всё-таки композиционным кодом. Ведь водородные связи между 4-ым и первым остатком в альфа-спирали и между 3-им и 1-ым остатком в 3/10-спирали замыкает рибосома, причём независимо от радикалов аминокислот. А тонкие различия определяются уже радикалами. Хотя иногда они и не такие уж тонкие, если речь идёт о метионине или пролине.

Victoria: Опять адресую Вас к работам В.А. Карасёва, где на уровне графов это очень хорошо промоделировано.

Кушелев: Это всё - теория. А меня интересует выбор между Вашей и моей таблицей композиционного кода на основе экспериментальных данных. Давайте для начала найдём современные данные по инсулину. Что показывает РСА? Прямые там спирали или изогнутые?

Victoria: В алгоритме бесплатной программы SSP присутствуют обе таблицы: генетический код пространственной структуры белка (прототипом которой послужила Ваша таблица композиционного кода) и топологический код для вторичной структуры белка (прототип -- матрица топологического кода В.А. Карасёва). Какую ещё вторую таблицу Вы хотите добавить и зачем?

Кушелев: Обождите, я что-то не догоняю. Вы исправляли мою таблицу композиционного генетического кода или вставили в программу SSP без исправлений? Если исправили, то хотелось бы добавить в программу неисправленную таблицу, чтобы получить результаты как по исправленной (Вашей), так и по неисправленной (моей) таблицам композиционного кода.

Далее легко будет увидеть отличия, т.к. результаты будут в одинаковом формате.

Конечно, хотелось бы видеть нечто в таком духе:

Но для этого нужно серьёзного программиста просить...

На примере инсулина, как я понял, Ваша таблица работает точно так же, как и моя, т.е. отличий вообще нет.

Можно ли измерить силу тяги двигателя "летающей тарелки", не включая источник энергии?

Предположим, что мы попадём в резонанс, и амлитуда электрического поля достигнет 10^4 В/м в нужной колебательной моде.

По лопастям двигателя пойдёт ток смещения, который в (0.01)^2=10 000 раз меньше рабочего. В этом случае мы можем зафиксировать 0.01% силы тяги двигателя.

6 октября 2010 года по каналу ТВ-3 показали первую попытку регистрации силы тяги этого двигателя на уровне 0.01% мощности.